膜蛋白是质膜的各种重要功能的执行者，通过蛋白质组学的方法对膜蛋白进行广泛鉴定有助于更好地理解它们的功能。本文通过亚细胞分级的方法制备人肝脏质膜，并分出一部分使用Na2CO3进行洗涤。通过电镜和免疫印迹分别评估质膜组分的形态和纯度后，使用2-DE-MALDI-TOFMS分别从Na2CO3洗涤和未洗涤的质膜组分中鉴定到228个和63个具有高置信度的蛋白质，而使用LC-ESIMS/MS则分别从这两种质膜组分中鉴定到248个和260个至少匹配2个肽段的蛋白质，除去重复鉴定结果，共从人肝脏质膜中鉴定到522个蛋白质。然后通过系统地比较各种研究方法鉴定蛋白质的数量以及蛋白质的分子量、等电点、疏水性、亚细胞定位和跨膜区等性质，得知LC-ESIMS/MS技术路线比2-DE-MALDI-TOFMS技术路线更适合研究质膜蛋白组，并且Na2CO3洗涤质膜可以将膜内在蛋白的鉴定数量提高2.5倍左右。以上工作不仅结合多种研究方法共同构建了一个比较大的人肝脏质膜蛋白质组数据库，而且直观地呈现出各种方法的优缺点，对于质膜蛋白质组的研究具有重要的指导作用。 细胞质膜下方的细胞骨架网络结构协助质膜完成多种生理功能，它们可以抵抗非离子型去污剂TritonX-100的抽提，从而和与它们紧密相连的整合膜蛋白共同沉淀下来，形成所谓的“膜骨架”。尽管膜骨架在决定细胞形状和信号通路过程中起重要作用，但是关于它们的研究还不多。本研究采用密度梯度离心结合去污剂抽提的方法制备了较纯的人肝脏膜骨架组分，优化了2-DE过程中溶解骨架蛋白的方法，得到了比较有代表性的2-DE图谱，通过MALDI-TOF-TOFMS从人肝脏膜骨架组分中鉴定到38个骨架蛋白。另外，结合2-DE-MALDI-TOFMS和SDS-PAGE-LC-ESI-FTICRMS这两种方法共从SD大鼠肝脏膜骨架组分中鉴定到100个骨架蛋白，这是迄今为止最大的膜骨架蛋白数据库。这些骨架蛋白可以分为如下几类：血影蛋白网络结构中的蛋白质、细胞连接(粘着连接、粘着斑、桥粒、半桥粒、紧密连接和间隙连接)相关的蛋白质、调控肌动蛋白纤维动态的蛋白质、马达蛋白以及其它一些细胞骨架蛋白，其中与细胞连接相关的蛋白质占了一半以上。本研究证明人与SD大鼠肝脏细胞中具有丰富的基于肌动蛋白和角蛋白的膜骨架结构，并从整体上展示出其蛋白质组成，对于进一步研究膜骨架的功能具有重要指导意义。 综上所述，本研究结合多种方法构建了一个人肝脏质膜蛋白质组数据库，并通过系统分析，归纳出各种研究方法的优缺点，为膜蛋白的表达谱以及功能研究打下了良好基础。另外，本研究制备了高纯度的膜骨架组分，从人和SD大鼠肝脏膜骨架中鉴定到大量骨架蛋白，构建了迄今为止最大的膜骨架蛋白数据集，并根据这些蛋白质描绘出肝脏细胞中基于肌动蛋白和角蛋白的膜骨架网络示意图，为进一步研究膜骨架功能奠定了坚实的基础。