中医在我国有着悠久的历史,虽然没有明确的现代科学意义上的验证,但是长达数千年的临床使用经验就是一部完整、科学的实验分析结果。但是,随着化学分析方法以及新一代测序技术的发展,人们可以通过现代实验技术手段来研究中药材的药用成份、作用机理以及化合物的合成途径等,这些研究可以从各个层面来丰富我国的中医科学理论。中药物种大多数都缺少详细的基因信息,通过转录组学研究可以丰富这些中药物种的基因信息以及探索中药材中重要次级代谢产生合成途径中的重要功能基因。药用植物金银花是重要的抗炎性、抗菌性,可以治疗急性呼吸道综合征、H1N1、手足口病等多种疾病。在本文中,我们通过转录组学研究及其相关代谢通路的分析来评估金银花的药用活性化合物,希望这种方法可用于各种中药材的药用活性化合物的研究中。我们通过比较两种金银花之间的转录组水平差异,希望可以找到两种金银花之间不同药理作用的理论依据。通过RNA-seq技术及Illumina测序平台,我们从两种金银花中获得了超过100万Reads的转录组数据,对于所有测序样本进行转录组组装得到了超过6000个表达序列标签(EST)。为了阐明两个品种间生物合成途径中的酶基因具有不同的表达水平及调节作用,我们将部分已知化合物合成代谢中酶基因及其表达谱进行了比较分析,这些化合物包括酚酸,黄酮类,萜类化合物和脂肪酸。我们的研究首次描述了金银花和其类似品种红色金银花中的基因表达谱并提供了一系列可用于评估金银花品质的酶基因。通过详细的分子水平分析,使得我们可以找出可能参与药用活性化合物的代谢途径的酶基因以及其调节机理。蝙蝠蛾拟青霉是一种内寄生真菌,通常存在于天然冬虫夏草中的无性型阶段,通过与其他真菌相互作用来合成冬虫夏草中重要的活性成分,如虫草素等。然而,目前蝙蝠蛾拟青霉中各种化学成分的合成代谢机制并不是十分明确,所以希望通过转录组学的研究找出其中重要的酶基因及合成代谢机理。本文选取了培养时间为4天和9天两个样品进行转录组分析,采用Illumina的测序技术产生了超过1.53亿条序列,通过软件Trinity将大约1.32亿序列组装成16,802个Unigenes。我们通过公共数据库将所有的转录本序列进行功能注释及分类,其中13,268(79.0%)是与已知蛋白质相似,其中与该品种同源性序列最多的为蛹虫草(Cordyceps militaries)(10,272个,占总序列的75.4%)。除此之外,还有9,475,9,897和3,215条转录本序列分别注释在GO、COG、KEGG等数据库中。通过对蝙蝠蛾拟青霉在不同发酵阶段的转录组分析,我们找到了部分关于重要化合物代谢的通路信息及酶基因。另外,我们得到的转录组分析结果为以后有关冬虫夏草深入研究及后续发展提供宝贵资源。