随着我国社会经济的发展,资源环境面临的压力日益增大。目前我国自然保护区总体管理保护情况并不乐观,缺乏直接相关的法规制度和保护机制。因此建立自然保护区生态补偿机制已成为当务之急。本文以福建武夷山国家级自然保护区为案例,利用问卷调查和访谈方法获得居民机会成本损失和实际损失数据,据此制定补偿标准。根据目前保护区实际情况,并结合前人研究基础,总结并探讨一套适合武夷山自然保护区的生态补偿机制。以期能够为今后武夷山自然保护区和我国其他自然保护区生态补偿机制制定和完善提供一定的指导和参考。研究表明：福建武夷山国家级自然保护区补偿主体主要有政府、保护区管理局、保护区及风景区内利用自然资源和环境的企业和公司；补偿客体主要是保护区内部社区居民；综合居民受偿意愿和居民损失,同时参考其他研究方法得出补偿标准幅度应该在每人每年2000～2500元；补偿以保护区管理局对居民实行直接的现金补偿为主；补偿资金来源以国家和地方政府财政支付为主,以生态税费和保护区内部创收为辅；以政府、保护区管理局和社区居民代表为主建立一个三方协商的机构协调和保障生态补偿的实施。