东晋南朝财政管理机构可作多层次划分,这种多层次主要体现为：中央财政管理机构,如尚书台之中的度支尚书部门；九卿财政管理机构,如大司农、少府等部门；地方财政管理机构,如南朝时期设置在地方的台传,又如地方政府机构设置负责征收地方赋税的职官。然而,这种多层次的财政管理机构在东晋南朝不同时期又呈现出一些新特征,如东晋康穆时期对度支尚书所属起部的并省,南朝时期度支尚书不仅掌管国家财政事务,同时还涉及到其它一些事务,如出使游说,安边救边等等。同时,萧梁时期对诸卿加卿的变动,以及设太府卿分割以往少府卿的诸多职能,改变了以往少府“管掌烦冗”的局面,等等。东晋南朝财政收入主要包括田租；绢、绵、布等手工品收入；商业税和其它杂税。关于东晋南朝田租收入,各朝均有各朝的特点。东晋颁布了“度田税米”的政策；刘宋时期虽未颁布新的田租制度,但施行的是按每户资产而征收田租；萧齐时期对农民田租剥削甚重,同时,“三调”作为财政收入总称出现于《南齐书》；萧梁时期按丁征收田租的同时,还存在按亩征收的田税；陈朝按丁征收田租的同时,还按亩征收土地税。至于绢、绵、布等手工品的收入亦呈现诸多时代特色。这部分值得注意的是：不是所有让百姓交钱的事都是国家财政收入的组成部分,如迎新送故之费,又如山泽诸税,这两方面只有少数上交中央的部分才能算作国家财政收入,其余多半落入地方官及地方豪强之手。