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九寨沟自然保护区地处四川盆地北部岷山山脉南段，属川西高原气候中的暖温带。保护区内分布着118个串珠状排列的高山湖泊，核心景区共有湖泊20个（组），集中在海拔2000米到3000米之间。水资源是九寨沟的灵魂，保护水生生态系统是九寨沟生态旅游可持续发展的立足之本。本研究以九寨沟湿地生物多样性保护项目为依托，于2007年5月-2008年4月对九寨沟核心景区芦苇海、树正群海、镜海、五花海、天鹅海和长海等六个湖泊水体硅藻植物进行调查，分析了其种类组成、丰度和密度，并用多样性指数、生物硅藻指数进行了水质评价，并考察了生物指标与环境因子的相互关系，旨在为九寨沟湖泊生态系统保护提供科学依据和基础资料。主要有以下几点结论：
(1)九寨沟硅藻植物丰富，调查统计为2纲6目10科31属222种（含变种和变型以及未定种）。优势属是舟形藻属Navicula、桥弯藻属Cymbella、曲壳藻属Achnanthes、脆杆藻属Fragilaria、菱形藻属Nitzschia、异极藻属Gomphonema小环藻属Cyclotella.
(2)优势种是优美桥弯藻Cymbella delicatula、细弱细齿藻Denticula subtilis、Gomphonema angustum、Cyclotella distinguenda、极小曲壳藻Achnanthesminutissima、扁圆卵形藻线形变种Cocconeis placentula var.lineata、近缘桥弯藻Cymbella affinis等。
(3)硅藻细胞密度多数在30×104个/L以下，长海样点S6的细胞密度均值在100×104个/L以上，年度变化上长海S6与S1—S5存在明显不同，S1～S5五个样点的夏季的走向趋于一致。
(4)生物指标的评价结果基本一致，芦苇海、树正群海、镜海、五花海、天鹅海和长海都属于清洁水体或呈现贫营养状态。
(5)按国家地表水标准，九寨沟六湖泊水体符合I类水质。生物指标评价结果与理化指标评价的结果基本一致。