近几十年来关于纤毛虫的形态学、生态学与毒理学研究表明，纤毛虫在在所处微食物网的物质循环和能量传递起重要的枢纽性作用。随着养殖业的不断扩大与管理的不规范，造成各海区受到严重污染与水体富营养化。而在富营养的封闭或半封闭式养殖水体中纤毛虫易大量繁殖进而对养殖动物、藻类培养与赤潮发生有着直接或间接的关系。目前由于相关鉴定资料的缺乏，养殖水体纤毛虫生态学研究方面被忽略。　　本工作于2014－2016年间对烟台海区的养殖水体中的纤毛虫物种多样性开展了调查，通过对各种类的活体形态学、基因扩增、纤毛图式等主要分类特征的研究，共发现和鉴定纤毛虫32种，分别属于10科、20属。根据前人的描述和分析建立了3个新种，发现了1个疑似种。主要结果如下：　　(1)中圆虫属Metacystis，因相关研究及文献较少，尤其缺乏该类纤毛虫的分子数据，造成该属的分类学地位不明确。本工作通过活体观察与蛋白银发现了1新种（相似中圆虫Metacystis similis nov. sp.），并首次得到了该属的相关基因序列。其中，新种的主要特征为：虫体尾端有一个突出体外的半圆形伸缩泡，体动基列32-36环，围口动基列7环（1双动基列6单动基列）；一枚球形大核位于虫体中部，无尾纤毛。　　(2)寡毛类Oligotrichia，由于无壳类纤毛虫较小的个体、迅捷的运动方式以及脆弱的表膜，成为种类鉴定中较为困难的一类。本文借助蛋白银及分子测序现代鉴定方法建立了2个新种:　　中国旋曳尾虫Spirotontonia sinica nov. sp.主要特征：活体大小约90-115×40-55μm；虫体为纺锤形或近锥形，体前端突起并向尾端渐渐变尖削，虫体末端具有一扁带状的长尾，长约为虫体的3倍，具有高度伸缩性；约13-15片领区小膜，约20-22片腹面小膜；大核近球形，约40-50枚。　　中间急游虫Strombidium intermedium nov. sp.主要特征：活体大小约50-60×40-47μm；虫体为非对称心形，背腹扁平，体前端突起，尾端盾圆。环带动基列水平闭合分布，由88-92对毛基粒组成，射出体沿环带动基列规则环绕排列；腹动基列由体后1/4处向末端纵向延伸，约由14-17对毛基粒组成；约11-13片领区小膜，约10-13片腹面小膜。　　(3)在自然养殖水体中发现扇形游仆虫疑似种，对其活体形态及大小、纤毛图式信息及分子数据与已知种进行了详细比较，对扇形游仆虫的多样性进行了补足性描述。