MicroRNAs(miRNAs)，是内源性、长约22nt的非编码单链RNA分子，广泛存在于动物、植物中，参与转录和转录后调控，主要通过与靶基因mRNAs碱基互补配对，诱导mRNAs的降解或抑制蛋白翻译而发挥沉默特定靶基因的作用。大量研究表明，植物miRNAs参与生长发育调控，以及对多种生物及非生物胁迫的响应，如病原菌侵染、干旱、温度及高盐等。目前，通过各种方法已发现大量miRNAs，但也仅仅是冰山一角。　　番茄(Solanum lycopersicum)是一种重要的经济作物和生命科学研究的模式植物，有关番茄miRNAs的研究，尽管已取得一些进展，但大部分的miRNA有待发掘和进行功能研究。脱落酸(ABA)是植物重要的五大内源激素之一，在调节植物对环境的适应性及生物防御应答反应中发挥重要作用。目前，有关ABA应答相关miRNAs的报道鲜见。　　本研究以栽培番茄为材料，叶面喷施外源ABA水溶液(7.58μmol/L)，清水喷施的为对照，取叶片和对照24hr后的样品，利用RNA-Seq技术，进行了高通量小分子RNA（Small RNA，sRNA）测序及分析，研究了ABA应答的miRNAs，并分析讨论了它们的功能，获得了有价值的结果。　　一、ABA应答的miRNAs全面分析　　获得大于14 nt的clean reads，在对照和处理组中分别为18，179，025和17，763，348条。对照组和处理组的unique sRNAs分别为5，345，714和5，601，375条，表明ABA的处理可以诱导small sRNAs的产生;miRNA tags在对照组和处理组中分别占总RNA的10.92％和9.76％，表明外源ABA抑制miRNAs的产生。　　将sRNAs比对到番茄基因组上，注释、分类，获得已知的miRNAs（known-miRNAs）365个;余下未被注释的sRNAs用于新的miRNAs(novelmiRNAs)的预测，获得novel miRNAs702个，共计1067个miRNAs。　　进一步对miRNA表达量数据进行归一化，为减少噪音和干扰，去掉表达量低于2 normalized counts的miRNAs，筛选获得416个miRNAs进行下一步的差异表达分析。表达量变化|log2Ratio|≥0.25，视为表达存在差异，表明对ABA产生应答;表达量变化|log2Ratio|≥1且P＜0.05，为显著差异。结果显示，共有269个miRNAs（已知的179个，新的90个）对外源ABA产生应答（，其中差异显著的有137个（已知的91个，新的46个）。下调表达的miRNAs约占三分之二，上调的约三分之一。通过靶基因预测并结合转录组测序数据分析，结果显示，miRNAs表达上调，它们的靶基因通常下调，反之亦然，表明miRNAs与靶基因的表达呈负相关。　　进一步进行了与胁迫相关的miRNAs预测及分析。　　二、与胁迫相关的miRNAs对外源ABA的应答　　通过靶基因预测及已有研究报道，发现许多靶基因与抗逆、抗病相关。获知可能与胁迫应答相关的miRNA49个，包括37个已知的和12个新的miRNAs。分析显示，39个miRNAs受ABA影响，表达发生变化，包括23个下调表达的和16个上调的miRNAs。其中29个miRNAs表达发生显著变化，下调的16个、上调的13个，包括部分表达受到完全抑制或者诱导的miRNAs。　　进一步根据靶基因和已有报道分析显示，与非生物胁迫相关的miRNAs31个（已知的26个，新的5个），与生物胁迫相关的miRNAs共26个（已知的19个，新的7个），与二者均相关的7个。ABA处理后，多数抗逆、抗病相关的miRNAs下调表达，且丰度通常较上调表达的miRNAs高，相应的抗逆、抗病靶基因上调，显示ABA正调控番茄的抗逆、抗病性，推测ABA不仅能提高番茄的抗逆能力，而且能提高其抗病能力。　　综上，外源ABA能调控miRNAs的表达，引起miRNA组成及丰度变化。这种变化不仅在植物应对非生物胁迫，而且在生物胁迫的防御反应中均起着重要的作用。推测ABA调控植物对多种胁迫的适应性，可能途径之一是通过调节miRNAs和靶基因的表达及其相互作用而实现的。本研究补充了番茄miRNAs数据库，并且为进一步研究miRNA在ABA应答及环境胁迫适应中的作用提供了依据。