禽多杀性巴氏杆菌质粒pC48-1和pX73序列测定与分析

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本试验从两株禽源多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)菌株C48-1和X73中提取和纯化了内源性质粒,采用酶切克隆和引物步行测序策略测定了它们的基因全序列,其中pC48-1序列全长为2621 bp,pX73序列全长为4220 bp。 质粒pC48-1和pX73的平均G+C含量分别为41.6%和42.8%,在整个序列中的分布都比较集中。pC48-1上存在6个正向重复序列和6个反向重复序列,pX73上存在6个正向重复序列和12个反向重复序列,其长度都超过10 bp。在质粒pC48-1的两条链上共发现有6个开放阅读框(ORF),质粒pX73的两条链上共发现有19个开放阅读框,大多数阅读框之间有相互交迭的现象。质粒pC48-1和pX73的开放阅读框在密码子的使用上没有明显的GC偏向性,但编码区GC含量较质粒整个序列的GC含量明显增加,其编码区GC含量分别为49.66%和46.96%。 pC48-1上存在Acc65 Ⅰ、BamH Ⅰ、Bcl Ⅰ、HindⅢ、Kpn Ⅰ、Nhe Ⅰ、Sca Ⅰ、Stu Ⅰ和Xba Ⅰ共9个单酶切位点,在质粒pX73上存在AceⅢ、Cla Ⅰ、Hinc Ⅱ、M.Hind Ⅱ、Nhe Ⅰ和Stu Ⅰ共6个单酶切位点。 同源性分析发现,与质粒pC48-1和pX73核苷酸序列同源性很高的序列分别有15和14个,且都与多杀性巴氏杆菌P1059菌株质粒pLEM核苷酸序列高度同源。pC48-1的6个推测ORF中,有5个ORF编码的氨基酸序列与其他蛋白质有不同程度的同源性,其中ORF2和ORF4编码的氨基酸序列与多杀性巴氏杆菌质粒pLEM的转运蛋白都有100%的同源性。pX73的19个推测ORF中,有13个ORF编码的氨基酸序列与其它蛋白质有不同程度的同源性,其中ORF7、ORF9、ORF13、ORF14、ORF15、ORF16、ORF17和ORF18编码的氨基酸序列与猪传染性胸膜肺炎放线杆菌等的转移蛋白A或B有90%以上的同源性。 因此,本研究工作通过两株禽源Pm质粒的基因全序列测定和分析,对将Pm质粒构建成分子克隆载体,进一步深入Pm分子生物学研究、探索制备安全有效的Pm基因工程菌苗具有重要的理论意义。
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