红毛菜科植物包括紫菜和红毛菜等重要的经济海藻，本研究对我国沿海及内陆地区部分红毛菜科植物采用细胞学观察及rbcL、nrSSU基因序列分析的方法进行研究，探讨它们之间系统发育的关系。红毛菜采自辽宁大连（DL）、山东威海（WH）、青岛（QH、QS、QJ）、江苏连云港（LYG）、如东（RD）及启东（QD）、福建莆田野生和栽培（PT&PTC）及广东汕头（ST），共11个海水红毛菜及一个采自山西阳泉（YQ）的淡水红毛菜。观察结果显示：不同地理位置的海水、淡水红毛菜染色体数目均为n=4。采集的11个海水红毛菜按繁殖方式可分为具无性和有性两种生殖方式及仅无性生殖方式的两个类群；阳泉淡水红毛菜只行无性生殖。在DNA序列分析中，不同地区的海水红毛菜关系紧密，也表现了系统发生上的多样性。淡水红毛菜与世界其他地区的淡水红毛菜紧密聚类在一个独立分支里，且分子序列近乎一致，显示淡水红毛菜是独立于多样的海水红毛菜的一个类群。对青岛（QD）、福建（FJ）、广东（GD）等沿海地区的紫菜自然种群进行了调查，结果显示：种群中确认到种的为青岛的条斑紫菜、圆紫菜，南日岛的坛紫菜、皱紫菜，平屿岛的坛紫菜、长紫菜、皱紫菜，外伶仃岛和下川岛的皱紫菜、多枝紫菜，共6个物种。其中条斑紫菜属于全缘紫菜组，染色体为n=3；其他5种紫菜属于暖温性的刺缘组紫菜，染色体均为n=5，其中多枝紫菜的染色体为首次观察报道。根据分子序列的证据，不同种的紫菜，除了皱紫菜，均按种的关系聚类在一起，因此系统发育地位在紫菜种间关系中有着重要的影响。在国际上新修正的15个红藻属中，本研究采集的海水红毛菜聚类在“Bangia”1、“Bangia”2中，淡水红毛菜聚类在Bangia中，紫菜均归到Pyropia属。