高等学校作为提供“高等教育”这项准公共产品的“第三部门”，对其进行管理是政府的权力也是不可推卸的责任。近些年来，为了适应社会主义市场经济发展的需要，我国高等教育正逐步迈向大众化，在此背景下，高校要健康发展，迫切要求政府合理发挥其管理职能。然而，由于长期处于计划经济体制之下，我国政府在管理高校的过程中存在着角色定位模糊、管理法制化程度不够、拨款方式具有局限性、没有真正落实高校办学自主权、资源分配不均及没有充分发挥教育中介机构的作用等问题和缺陷，制约了高校的发展。　　 笔者在新公共管理的视野下，研究发达国家政府管理高校的历史和权力模式，归纳值得借鉴的先进经验；研究建国以来我国政府与高校关系的变迁，分析我国政府管理高校职能的现状。在上述研究的基础上，借鉴新公共管理的主要思想，根据公办高校和民办高校的不同情况，分别明确了市场经济中我国政府与两类高校的相互需求及政府对两类高校的管理权力与责任，继而提出了我国政府合理管理高校的六项原则，即“掌舵”原则、多边治理原则、竞争原则、效率与公平原则、权力分散原则及依法行政原则，并对其实现途径提出了建议。