外部的商业环境千变万化，全国各地区有自己独立的利益需求，各个股东的利益需求也不同，指望通过制定一部全面的公司法，就可以保护好股东权的想法是不现实的。在公司法不能满足股东利益需求时，股东可能会签订私下的股东协议来规避公司法对他们的适用。与其让公司法的效力形同虚设，还不如强化公司章程的股东权保护功能。本文是以“股东意思自治”为思维主线，以公司章程的“应然功能”到公司章程的“实然功能”作逻辑主线，从股东之间关系角度出发，探讨在所有权与经营权没有完全分离的公司中，公司章程对股权的保护功能。笔者认为：在所有权与经营权还没有完全分离的公司中，公司章程就是股东相互之间权利的保障书。公司法应当允许股东根据公司股权结构的分布情况和自己的利益需求，在公司章程中确定他们之间股东权的内容以及约定股东权的救济方式。公司法不应当将法定的股东权及其救济制度强制适用于股东。在公司章程的约定不足时，公司法只是为公司章程填补缝隙而已。同时，公司法应当在股东的资产权、股东的管理权、股东的救济权三方面为股东提供公共产品，引导股东自己通过公司章程来确定他们之间股东权的内容以及股东权救济方式。只有股东违背诚信义务行使股东权损害公司或其他股东的权益，公司法才发挥其强制功能。