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本研究以垂柳和簸箕柳为研究材料,利用新一代454高通量测序技术进行转录组测序,并进行生物信息学分析,比较乔木柳与灌木柳转录本之间的差异;同时利用测序产生的大量EST序列开发了一组SSR标记,并检验了SSR标记在柳树不同种及杂交种间的通用性。本研究的主要结论如下:1.本研究应用Roche454GS FLX平台对垂柳和簸箕柳进行转录组测序,分别获得原始读段(Reads)280074和267030个,平均长度为415bp。拼接后垂柳得到40271个Unigene(Contig4701个和Singlet35570个);簸箕柳得到55083个Unigene (Contig7793个和Singlet47290个)。对两个样本转录组测序数据进行了GO注释分类和KEGG代谢通路分析。在两个样本转录本之间筛选出550个差异表达基因,并对这些差异表达基因做GO注释分类。2.利用不同软件对两个样本的Unigene进行SSR位点查找,经比较发现MISA软件最为快捷、有效。在垂柳和簸箕柳中分别检索到1572和2949个SSR候选位点。利用Primer5软件进行引物设计,在垂柳和簸箕柳中分别成功设计459和729对引物。经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测,最终有424对垂柳引物、658对簸箕柳引物共1082对引物成功扩增。3.为研究基因区微卫星在不同树种中的变化情况,本研究利用从NCBI中下载的杨树和桉树的EST序列与转录组测序产生的柳树EST序列为材料,各自拼接去冗后,随机选取5万条Unigene并利用MISA软件查找SSR位点。结果显示,杨树和桉树EST序列含有微卫星的比例比较接近,分别为19.3%和19.9%,而在柳树中分化较大,只有11.4%。研究还发现,三碱基重复单元是这3个树种编码序列中微卫星的主要重复类型;微卫星获得或丢失重复单元的速率都随着重复单元的增加而降低。4.从PCR成功扩增的引物中随机选取200对(垂柳100对和簸箕柳100对),在16个柳树种及杂交种间进行通用性检测。结果显示:利用垂柳和簸箕柳开发的引物在柳树种及杂交种间的通用性基本上都在70%-99%之间。其中,100对垂柳引物在旱柳和黑柳中通用性最好,高达93%,最低的簸箕柳为74%;簸箕柳引物在杂种簸箕柳×银芽柳中通用性最高,达到99%,在垂柳中通用性最低,仅为63%。对比分析发现,利用乔木柳开发的引物在乔木柳不同种及杂交种间的通用性要高于在灌木柳不同种及杂种间的通用性。同样,利用灌木柳开发的引物在灌木柳不同种及杂种间的通用性高于在乔木柳不同种及杂种间的通用性。