书院教育是明清时期宁国府重要的教育形式。明中前期是宁国府书院发展的沉寂期;嘉靖至万历时期,因官学的衰败、阳明学的传播等原因,众多书院被创建,书院讲会繁荣,发展进入鼎盛期;晚明,受政治剧变和讲会衰微的影响,书院陷入没落。清初,宁国府书院缓慢发展;康熙晚期至乾隆时期,宁国府书院相当繁荣,不仅新建了不少书院,而且书院规模也扩大了;咸同兵燹使宁国府书院遭受浩劫;战后,书院得到一定复兴,但随着清末书院改制,宁国府书院最终退出了历史舞台。明清时期宁国府多建于风景优美、环境清雅之处;其建筑布局也别有特色,一些规模较大的书院号舍众多、设施完备,建筑命名颇有内涵。明清时期宁国府书院通过官府拨付、民间捐输以及自主经营筹措经费,但主要是后两种方式;书院经费支出可分为基本建设与日常运行两大类,毓文书院和泾川书院日常经费的支出可分为山长、生童、行政和其他共四个方面,且各方面经费比重差异明显。但书院经费往往因书院产业被侵蚀而日渐短缺,甚至引发纠纷。为此,宁国府书院采取了明定章程,载之籍册和自主经营,加强监督的措施来应对。明代中后期宁国府的书院讲会风起云涌,这些书院讲会活动主要集中于泾县和宣城县,尤以水西书院阳明讲会著名。这类讲会式书院讲授内容多贴近大众,机构设置相对简单,管理比较松散。清代雍正末年以后,宁国府书院山长与其他管理服务人员的选任、生徒的招收、日常教学等日益规范化。此时,毓文书院是传播汉学的重要学府,师生的课余生活十分丰富。祭祀是宁国府书院的重要活动,其内容有一定的程式,祭祀对象灵活多样,有重要的教育作用。清代宁国府不少书院藏书丰富。这些藏书来自于书院自身购置和官民捐赠,与教学内容密切相关,管理和利用也有一套制度章程。明清时期宁国府书院的广泛设置有效地满足了地方教育的需要,促进了人才的培养。具体而言,受明代中后期书院讲会的影响,宁国府出现了一批阳明学派学者,书院生徒在科举上取得了不错的成绩,该地民风也因之善化。清代宁国府书院的贡献可以旌德毓文书院视角,该书院的不少生徒在功名、学术、事功方面成绩显著,还刊刻书籍,一些山长在此也取得了学术成果。宁国府书院存在明代中后期和清代康熙晚期至乾隆时期两个发展高峰期。这主要是因为这两个时期社会比较安定、经济繁荣;同时,地方官员的推动也起了重要作用。1901年,应清廷的要求,宁国府书院纷纷改制学堂,但从改制后的一段实践看,却很难取得传播西学、培育西学人才的效果。