我国经济发展水平和产业结构的技术构成在改革开放以来都发生了重大变化,劳动力素质也有了很大提高,但自主创新能力一直制约着经济的发展的最大障碍。进一步提高自主创新能力,不仅是“十一五”时期引导经济发展的重要任务,是加快转变经济增长方式的迫切需要,是保障国家经济安全、推动产业结构优化升级、增强我国综合国力和竞争力的迫切需要。而中小企业作为任何一个经济体实现经济增长的发动机,是增加就业的基本场所、是自主创新的生力军、是国民经济的重要增长点,且更有效地利用了地方资源。温州作为中小企业最为集中和最具特色的地区之一,其中小企业自主创新金融支持问题也很具有代表性,因此研究温州地区中小企业自主创新金融支持问题具有重要的现实意义。本文首先对中小企业自主创新理论、金融发展理论、自主创新金融支持理论的国内外文献作了一个回顾和梳理,为研究提供了理论依据。其次对中小企业自主创新的内涵、研究范畴做了界定,并指出金融支持中小企业自主创新的理论依据。然后通过中小企业自主创新金融支持的理论分析和两者相关性的实证分析,总结出温州中小企业自主创新金融支持体系的不足。最后相应地分别从完善金融法律制度保障、建立多层次资本市场融资体系、创新风险投资体系和信用担保体系的角度对完善温州中小企业自主创新金融支持体系提出了具体的对策建议。