辣椒是一种重要的经济作物,在世界各地都有种植。辣椒的种类很多,从果实形状到果实颜色变化多端,辣椒素含量也不同。辣椒中含有丰富的人类所必需的营养物质,如可溶性糖、Vc、辣椒素和辣椒红素等。辣椒全基因组的测序完成,为研究辣椒果实发育的分子机理和果实颜色等奠定了基础。本文借助转录组测序技术,分析Vc、辣椒素和辣椒红素合成途径相关结构基因差异表达,通过共表达分析找出调控这些合成途径的关键基因,并通过qRT-PCR技术,验证关键基因在不同时期不同组织中的表达量。取得如下研究结果:1利用RNA-Seq测序技术,对辣椒骨干亲本“6421”的根、茎、叶、花、果肉、胎座和种子按不同发育时期进行了转录组测序。每个样品重复3次,累计测序样本达150多个,共获得1000Gb Clean reads,并通过生物信息学分析构建了辣椒大样本RNA动态转录组可视化数据库。“6421”和Zunla的Alignment几乎都在90%以上,CM334的Alignment较低,基本都在80%~85%之间。2比较分析辣椒与番茄Vc合成途径结构基因在果肉不同发育时期的表达模式,辣椒果实Vc合成主要在完全红熟前完成;GME1和AO基因在辣椒果肉Vc含量中发挥了重要作用。3分析了51个辣椒素合成相关基因,AT3d和KasId在辣椒胎座中特异表达,在辣椒素合成途径中起决定作用;特异基因表达与共表达分析,推测Capana06g001834和Capana03g000296(bHLH)可能参与调控辣椒素的合成。4分析了辣椒红素合成途径结构基因的差异表达,LCYB基因在辣椒不同组织中均表达,不同发育时期表达量变化不大,推测其不仅参与辣椒红素的合成,还参与调控辣椒果实的发育;CCS基因在辣椒果肉中特异表达,在辣椒红素合成途径中起决定作用。