农村金融机构作为中国金融体系中的一部分，占有较高的比重和地位。农村金融机构一直以服务三农为主，而三农虽然是我国经济和社会的重要组成部分，但整体较弱，因此，农村金融机构一直被人们认为赢利水平低、管理混乱、人员素质差，自90年代后期一直伴随着改革而行。　　2003年由国务院启动了农村金融体制深化改革，农村信用社、农村合作银行、农村商业银行逐步成为农村金融市场的三种基本的农村金融机构主体模式。　　鉴于与一般企业相比，商业银行在国民经济中担负的职能和角色的不同，其公司治理具有自身的特殊性。我国商业银行率先引入公司治理中独立董事制度，其实践表明，独立董事可以在商业银行的公司治理中发挥其独特的作用和功能。借鉴这些商业银行的经验，农村金融机构在公司治理改革中也引入独立董事制度，从实践情况看，改制较早的农村商业银行已经进行了1-2次董事会换届，少部分已经进行了3次董事会换届，实践证明，改制后的农村商业银行其董事会的制衡作用得到了有效的发挥，但存在的问题也逐渐暴露出来。董事会因处于公司治理的核心，矛盾较为突出，其中有些问题影响了农村商业银行的再发展，是否需要对农村商业银行的董事会制度进一步完善和修正成为监管者和关心农村金融发展的有志之士思考的关键问题，而独立董事制度作为公司治理中的重要制度之一，目前在公司制衡、咨询管理方面发挥了作用，所以如何发挥独立董事的正向作用，作为完善董事会建设成为本文探讨的主题。　　本研究在回顾我国农村金融机构发展演变的基础上，对农村信用社、农村合作银行、农村商业银行三种基本农村金融机构的公司治理的特点和存在问题进行了剖析。接下来，选取了居于我国农村金融改革前列的浙江省，从实地调研和访谈角度对农村金融机构独立董事制度及运行机制进行了考察，并与上市公司、商业银行进行了比较研究，分析了与两者在独立董事人选的产生、任期、薪酬、专业委员会等方面的差异。最后，从完善农村金融机构公司治理制度、强化独立董事履职两个方面提出了相关的对策建议。