长江河口是中国最大也是世界上极为重要的河口生态系统,受到河水和海水的影响,长江河口地区的滩涂和水体理化性质复杂多变,为其丰富的物种多样性奠定了基础,同时丰富的物种资源也为各类物种的鉴定分类带来一定挑战。而准确的对该区域的物种进行鉴定分类是研究该区域生物资源、生态环境科学以及河口生态管理、保护和利用的重要前提。DNA条形码和精细解剖技术可以解决形态学分类技术手段部分情况下难以解决的问题,基于高倍光学镜和扫描电镜的精细解剖技术手段在微视体系下可以较好的展现传统形态学技术手段下难以发现的物种内部形态特征,能够提供物种鉴定和生物生态学分析重要证据。基于DNA条形码和精细解剖等现代化技术手段可以分析研究疑难物种的发现鉴定和修订补充新物种和新记录,以及清晰判断物种的分类水平和系统发育演化过程,可以为生产、科研、教育以及沿海生态经济发展以及生态学研究进展提供基础性资料。利用DNA条形码和精细解剖技术可以对现有的分类地位清晰的物种进行分子鉴定数据和形态特征的补充;当仅仅依靠传统形态学分类技术手段难以处理问题时,利用DNA条形码和精细解剖技术可以对某一分类阶元中的个别疑难物种进行准确的鉴定分类;同时,利用DNA条形码和精细解剖技术可以处理一类物种鉴定分类和系统发育关系分析,在物种形成演化方面相较于传统分类技术手段更为清晰透彻。本研究分别选取了以上海地区命名的物种,上海瓣尾水虱Cyathura shanghaiensis、在长江河口潮滩为优势但仅鉴定到科的拟沼螺科物种Assiminea sp.、采集于长江河口及东南沿海地区的石磺疑难类物种和搁浅于上海水域但污损严重从传统形态特征无法进行鉴定分类的鲸类残骸样本,进行DNA条形码和精细解剖技术的应用研究,为其在长江河口区域及各地区、各阶元物种的分类鉴定和系统发育分析研究提供一定的资料。通过研究主要取得了以下进展:1.针对长江河口区域大型底栖无脊椎动物中重要疑难物种,补充了上海瓣尾水虱Cyathura shanghaiensis的精细解剖图像和DNA条形码数据,提供了该物种分子鉴定的数据基础。一方面进一步巩固了该物种的鉴定证据,同时对于该属种的分类学研究提供了基础性资料。2.拟沼螺类疑难物种Assiminea sp.在长江河口地区广泛且大量的分布,是潮间带重要的优势种群,本研究利用通用引物序列结合精细解剖技术补充拟沼螺类疑难物种Assiminea sp.个体的精细解剖特征描述和DNA条形码数据,并将其准确鉴定为Assiminea grayana为长江河口区域首次记录。为该物种的人工饲养和开发利用工作提供方向,为国内相关研究和开发利用工作提供了一定的基础资料支持。3.石磺是广泛分布于长江河口区域及中国东南沿海地区的大型底栖无脊椎动物,具有重要的科研及经济价值,但中国石磺类物种的分类鉴定一直尚未明确,石磺类物种生境状况复杂且形态特征多变,仅依靠传统分类学无法进行准确的分类鉴定工作,本研究对长江河口区域及中国东南沿海地区几种常见的石磺类疑难物种进行分析鉴定,利用DNA条形码分子技术和齿舌精细解剖手段相结合完成了系统发育分析和齿舌形态差异分析。修订了关于分布于中国的共有5属6种石磺物种的结论,认为分布中国的石磺有Platevindex sp.、Peronia verruculata、Platevindex mortoni、Onchidium reevesii、Onchidium stuxbergi、Paromoionchis tumidus、Wallaconchis graniferus以及浙江Unknown共6属8种。其中,采自浙江的样本疑似为新物种。4.本研究基于微型DNA条形码技术完成了一例搁浅于长江河口地区污损严重的鲸类骨骼样本的鉴定分析,将样本准确鉴定为大村鲸Balaenoptera omurai,为上海水域发现该物种的首次记录,提供了一种鲸类DNA条形码分析的较短目的片段的新引物,并为疑难物种污损严重样本的DNA提取工作和微型DNA条形码技术较短目的序列的引物设计提供一定的数据经验。