野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht)为野生珍稀濒危植物资源,我国仅在新疆地区有分布。为研究野扁桃与栽培扁桃、栽培桃等近缘种间的亲缘关系及其所属的核果类物种的分属,并初步探讨蔷薇科的亚科分科问题。对新疆野扁桃及其近缘种植物的叶绿体编码基因间隔序列—matK和rbcL,序列、非编码基因间隔序列—atpB-rbcL,和atpF-atpH序列进行测序,结合GenBank中已公布的上述4种序列,构建NJ系统发育树。结果如下:　　 (1)野扁桃与其近缘物种的亲缘关系　　 atpB-rbcL基因序列和atpF-atpH序列单一和组合的情况的NJ系统树中,蒙古扁桃、山桃和扁桃Z均聚集形成一个分支,三者间的亲缘关系较近,扁桃Z可能是苦扁桃;atpB-rbcL序列的NJ树及两序列组合的NJ树均支持栽培扁桃与栽培桃的亲缘关系较其与野扁桃的亲缘关系更近。　　 (2)核果类物种属的划分　　 本试验核果类物种matK序列及atpB-rbcL,序列的NJ系统树中,核果类物种均聚集形成一个分支,并构成单系类群,说明核果类物种具有一个最近共同祖先,种间的亲缘关系较近。因此,两种序列均支持将核果类物种划分为一个属(Prunus)的分类观点。　　 (3)蔷薇科亚科的划分　　 rbcL序列的NJ系统树与matK序列的NJ系统树聚类分支一致,matK序列的系统树获得更高的分支支持率。两序列的NJ系统树对蔷薇科的亚科划分与传统4个亚科的分类观点有较大的分歧,两个系统树均验证了Potter等的新分类观点,将蔷薇科分为Amygdaloideae、Dryadoideae和Rosoideae3个亚科。