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目的探究扶绥县肝癌高发区乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)前S(PreS)、前C/BCP(PreC/BCP)区基因突变与肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)发生发展的关系,并建立扶绥县HBV流行株PreS,S, PreC/BCP基因参照序列。方法1.从扶绥肝癌高发区肝癌高危人群队列中,选取30例HBV相关肝癌患者发病前连续2-5年以及肝癌确诊年份的血清作为病例组,并以35例相同连续年份未发生肝癌成员同期的血清标本作为对照组,经抽提DNA,巢式PCR等实验方法,扩增得到HBV前S(PreS)区、S区、前C/BCP(PreC/BCP)区产物,经纯化测序,采用病例对照研究、纵向研究、巢式病例对照研究等方法,观察前S区缺失,前S2起始密码子突变、C3026T、T53C、T1858C、A1775G、G1896A和A1762T/G1764A突变与肝癌发生的关系。2.选取2013年扶绥县HBV无症状携带者(Asymptomatic carrier,AsC)89例,测定其PreS、S、PreC/BCP基因,采用同源性分析等方法确定基因型,并按基因型在MEGA软件中进行序列比对,建立参照序列。结果1.A1775G、T1858C、PreS区缺失在病例组中的发生率显著高于对照组(P<0.05),比值比(odds ratio,OR)分别为0.215、3.636、4.306。而A1762T/G1764A、G1896A、C3026T、PreS2起始密码子,T53C突变在两组的差异无统计学意义(P>0.05)。2.纵向研究显示,PreC/BCP区27例、PreS区28例肝癌病例中,从进入队列观察开始年份至发生肝癌期间,大部分肝癌患者A1762T/G1764A、T1858C、PreS区缺失,PreS2起始密码子突变,C3026T、G1896A于肝癌发生前4-5已出现并趋于稳定,T53C在肝癌诊断前2-3年开始出现,5例观察到了基因突变的动态变化。3.巢式病例对照研究显示,病例组T1858C,PreS区缺失,1775无突变的发生率显著高于对照组(P<0.05),OR值分别为2.877,4.267,3.706。4.建立的扶绥县参照序列与Gen Bank收录的中国其他地区同基因型HBV序列(CDQ448627、EU439006)相比差异较大,最高可达2.07%。与中国地区HBV参照序列(CHN-HBV07-B和CHN-HBV07-C)相比差异较小；扶绥县不同基因型间参照序列的差异程度大于不同地区同基因型序列间的差异,最小2.87%,最大可达9.65%。结论1.T1858C,PreS区缺失能够增加肝癌发生的风险,是肝癌发生的危险因素,A1775G能够降低肝癌发生的风险,是肝癌的保护性因素。2.A1762T/G1764A、T1858C、PreS区缺失,PreS2起始密码子突变、C3026T、G1896A作用于肝癌发展的早期阶段,A1775G由突变型变为野生型对肝癌的发生具有提示作用。3.中国不同地区间参照序列差异较大,同地区不同基因型间差异更大。中国相同基因型的HBV DNA同源性较高,稳定性较大。