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目的: 1.基于多重基因遗传信息表达分析系统(GeXP)技术平台,探讨应用荧光染料标记的特异引物代替通用引物检测细菌耐药基因的可行性。 2.基于GeXP技术平台,应用荧光染料标记的特异引物建立耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的基因检测法。 3.基于GeXP技术平台,应用荧光染料标记的特异引物建立一种高通量的葡萄球菌多重耐药基因检测法。 方法: 1.通过PCR扩增甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)的mecA基因,验证引物特异性并优化PCR。采用CY-5(荧光染料)标记引物5’端。通过GeXP系统,应用mecA-F-CY5(带标记的上游引物)与mecA-R-CY5(带标记的下游引物),mecA-F-CY5与mecA-R,mecA-F与mecA-R-CY5三组引物平行扩增4株MRSA的mecA基因,验证各组引物在GeXP技术平台应用的可行性,同时比较应用效果。 2.金黄色葡萄球菌共有基因nuc的标记引物同样以上述方法制备。采用GeXP单重PCR扩增MRSA的nuc基因,确认其特异扩增峰大小。建立GeXP二重PCR(采用nuc与mecA引物),扩增检测MRSA、甲氧西林耐药凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)、甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)相应基因,产物经琼脂糖凝胶电泳与GeXP毛细管电泳,分析电泳图优化PCR。应用优化后的GeXP二重PCR扩增检测100株MRSA验证应用效果。 3.采用细菌16srDNA、甲氧西林耐药相关基因(MecA LGA251)与大环内酯类耐药相关基因(ermA、ermB、ermC、sat4、msrA、ereA、ereB、mefA/E)的引物,经传统PCR(PCR+琼脂糖凝胶电泳)筛查129株甲氧西林耐药或者红霉素耐药葡萄球菌相应基因,同时优化PCR。用CY5标记相应基因上游引物5’端,制作GeXP多重PCR引物。应用GeXP多重PCR扩增检测多重耐药基因,产物经琼脂糖凝胶电泳与GeXP毛细管电泳,分析电泳图优化PCR。应用优化后的GeXP多重PCR扩增检测58株葡萄球菌核酸相应基因验证应用效果。 结果: 1.通过GeXP系统,应用单条标记引物(单独标记上游引物或下游引物)与同时标记上下游引物相比,mecA特异扩增峰无明显差异,应用单条标记引物产生的杂质扩增峰较少。 2.建立的GeXP二重PCR,扩增检测MRSA、MRCNS、MSSA相应基因,能明确区分nuc与mecA基因,结果与传统PCR检测一致;100株MRSA经GeXP二重PCR检测,均含有nuc与mecA基因,与传统PCR检测一致;与表型检测(VITEKⅡCompact系统)相符。 3.129株葡萄球菌筛出7种基因(16srDNA、mecA、ermA、ermB、ermC、sat4、msrA)。16srDNA、mecA、ermA、ermB、ermC、msrA引物特异性好,但不同核酸的sat4基因能扩增出两种不同大小片段。建立的GeXP多重PCR能同时检出所有靶基因,58株葡萄球菌的检测结果与表型检测(VITEKⅡCompact系统)相符,与传统PCR检测相比:16srDNA、ermA、mecA、ermB、ermC符合率均为100%(58/58);sat4、msrA符合率均为96.55%(56/58),均无统计学差异(X2=0.5, P>0.05)。 结论: 1.以荧光染料标记的特异引物代替通用引物在GeXP系统中应用的方法可行,单条标记引物与同时标记上下游引物相比,前者应用效果较好。 2.建立的GeXP二重PCR筛查耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的方法可行,特异性与敏感性高。 3.建立的GeXP多重PCR检测葡萄球菌多重耐药基因的特异性与敏感性高,若采用更多引物,检测通量可进一步提高。