靶向大肠杆菌粘肽合成酶PBP1b的先导物的虚拟筛选、合成及应用

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大肠杆菌(Escherichia Coli),是一种在医学和兽医学临床上常见的病原微生物,也是常见的食品病原菌,给人类社会带来了严重的经济损失。在大肠杆菌生长繁殖过程中,细胞壁的合成是重要的一环,而粘肽合成酶PBP1b (Penicillin binding proteins 1b)又是大肠杆菌细胞壁合成中的关键酶,对细胞壁的合成以及存活具有重要意义。本研究以大肠杆菌的粘肽合成酶PBP1b为靶点并且以DOCK6.5为工具进行分子对接,寻找具有高亲和力、有抗菌活性、全新结构的先导化合物,并尝试将其用于冷却肉的保鲜上,为安全,无毒的新型食品保鲜剂开发寻找一条新思路。本论文主要研究结果如下:1.针对大肠杆菌的粘肽合成酶PBP1b,通过分子对接软件DOCK6.5进行虚拟筛选。在含有104万个化合物的ZINC数据库中筛选出目标化合物。经grid score的第一轮打分,得到分值在-30kcal/mol以下的化合物约6万个,从中挑选出打分高的600个化合物进入第二轮筛选,采用amber score进行第二轮打分,筛出分值在-20kcal/mol以下的化合物约200个。经过分值排序,最终挑选出ZINC03866448, ZINC02496118, ZINC13276500, ZINC13277245四种得分高的先导物。2.以苯磺酰氯为起始原料,通过取代,脱保护基,接酸酐等步骤,合成先导物ZINC03866448及其三种衍生结构,经硅胶柱层析,得到先导物纯品。又经质谱和核磁氢谱两种方法验证先导物的分子量和结构式,结果表明,合成的先先导物是我们所需要的。3.以美国临床和实验室标准化研究所(CLSI)的微生物检验标准文件M07-A9为标准,采用常量肉汤稀释法,.测定合成物对Escherichia Coli, Pseudomonas Aeruginosa, Staphylococcus Aureus, Listeria, Bacillus Subtilis五种供试菌的最小抑菌浓度。结果表明,四种合成物对五种供试菌的MIC在175-225 μg/mL之间,具有较强抗菌活性。但由于先导物结构简单,因此抗菌活性并不算太高。通过先导物与大肠杆菌粘肽酶PBP1b相互作用检测,发现NDB-Cl荧光探针能与粘肽合成酶PBP1b结合,经由SDS-PAGE电泳分析后,在凝胶成像仪590 nm紫外下能看到荧光条带;以及细胞壁检测:通过透射电镜观察被先导物处理的Escherichia Coli和Staphylococcus Aureus的细胞壁,发现细胞壁出现破损,表明先导物能阻碍大肠杆菌细胞壁的合成。4.通过测定菌落总数(TPC)、挥发性盐基氮(TVB-N)、pH、 TBA值、硫化氢和色差等指标,并以山梨酸钾为阳性对照,对保鲜效果进行初步研究。最后,采用MTT比色法检验先导物对小鼠肝细胞的毒性。结果表明,先导物处理组的菌落总数指标要优于山梨酸钾组,TVB-N、pH值、汁液流失率、H2S指标与山梨酸钾组差异性不显著(p>0.05),但抗氧化活性与护色能力较差。先导物能使冷却肉货架期延长3-6天左右。MTT比色法显示先导物毒性为Ⅰ级,可以认为是无毒。因此,先导物有被开发为低毒、安全的食品保鲜剂的潜能。
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