近年来,金融全球化趋势日益明显,金融危机的阴霾尚未消散,国内外金融环境呈现出复杂多变的格局。商业银行的审慎经营,不仅关系到商业银行自身的稳定和发展,而且与国家和国际经济秩序的稳定息息相关。在这种复杂多变的金融格局大环境下,商业银行内部控制有效性必须得到保证。目前我国商业银行总行已建立较为完善的内部控制制度,而分支机构负责具体经营,追求发展速度,急于扩大规模,分支机构内部控制的有效性得不到保证,带来很多风险。本文选择扬州地区的商业银行二级分行及其支行机构作为研究对象,调查二级分行及支行机构内部控制有效性究竟如何,其存在的问题及原因是什么并提出对策和建议。首先,本文在国内外文献研究的基础之上,设计了内部控制调查问卷。结合预调查的结果,针对扬州地区商业银行分支机构的特点对问题及选项进行了调整。通过主成分分析提炼出商业银行内部控制的主要因子,对各银行的内部控制有效性进行排名,最后通过综合评价法得出各银行的综合评分值及排名。通过实证分析得出结论发现,在要素层面上,内部控制环境和监督与评价要素有效性较低,内部控制活动与信息交流与沟通要素有效性较高。在银行层面上发现,(1)内部控制文化有效性低,相对于其资产规模而言,国有银行内部审计人员投入力度不足；(2)中小商业银行风险量化方法落后,风险管理人才缺乏；(3)授信管控不严,国有银行的信息沟通效果差,中小商业银行的信息系统有效性低；(4)监督考核方法落后,责任追究制度不落实。最后根据实证分析结论,提出提升商业银行内部控制有效性的对策和建议：构建良好内部控制环境,注重对内审人员的培养；健全风险评估体系,建立全面风险管理系统；加大控制措施的执行力度；完善信息交流与沟通机制,健全信息系统建设；完善监督与评价机制,加大责任追究制度。