过去RGA(Resistant gene analogs,RGA)主要是作为RFLP标记的探针,RFLP标记在检测上比较麻烦,因此现在己用的很少。从基因定位和标记辅助育种的实际需要来看,特异PCR标记具有更大的应用价值。为了开发基于特异PCR引物的RGA标记,汪旭升等(2005)采用生物信息学的方法,利用已公布的籼稻(93-11)和粳稻(日本晴)的全基因组序列,开发出了402个候选的RGA标记。这些候选RGA标记在e-PCR中都产生单一条带,且表现为共显性。为了检验这些候选RGA标记的可行性,我们从中随机挑选一些进行实验验证,对RGA标记的多态性、通用性及其在籼粳亚种间的特异性进行了分析,以期为水稻抗病分子标记辅助育种提供便利工具。通过实验验证,主要结果如下: (1)将随机挑选合成的40对RGA引物在日本晴和93-11的基因组DNA中进行扩增,31对引物(77.5%)能获得稳定清晰的目标条带并在两亲本间表现出多态性,片段大小与e-PCR结果一致,这些引物可作为共显性标记;4对引物(RGA29、RGA35、RGA28和RGA33)只在一个亲本扩增出目标带,故可以作为显性标记;3对引物(RGA8、RGA17和RGA18)虽然在93.11和日本晴中扩增到清晰的条带,但没有多态性;2对引物(RGA 19和RGA25)没有扩增产物。总之,在测试的40对引物中,有35对引物可以扩增出多态性条带,可以作为分子标记,成功率达到87.5%。 (2)RGA标记具有较好的通用性。用获得的31对共显性RGA引物在24个水稻品种的基因组DNA中进行扩增,共检测出65个清晰稳定条带,平均每对引物检测到2.10个条带。这31对引物在24个水稻品种中一次性扩增成功的比例在75%-100%之间,平均为94.79%。其中有19对引物能在全部品种中都扩增到目标片段,其它12对引物在18-23个品种中扩增到目标片段,说明这些引物有很好的通用性。另外,有6对引物在1-4个品种中出现新带型,这可能是由R基因的演变造成的。在品种Diwani和Lemont中,分别检测到5个和3个杂合位点,这可能和品种的纯度有关。25对引物只检测到2个条带,且片段大小与93.11或日本晴相同,引物有很好的保守性。说明RGA的片段长度在水稻进化中是比较保守的。 (3)RGA标记具有较好的多态性。35对RGAB标记中,最大的PIC值为