2003年6月27日，国务院以国发[2003]15号文件出台了《深化农村信用社改革试点方案》，要求从2003年下半年开始，在江苏等8个省(市)进行农信社改革试点，按照“深化农信社改革以服务农业、农村和农民为宗旨，明晰产权关系、强化约束机制、增强服务功能、国家适当支持、地方政府负责的总体要求，加快信用社管理体制和产权制度的改革。”江苏作为我国农信社最早进行改革试点的省份，各项改革措施与成果在此得到了最全面的反映。因此，本文各项调查研究工作的开展主要是以江苏省农信社改革试点为样本，在苏北、苏中、苏南分别选取了某农合行、某农信社、某农商行代表不同经济发展水平、不同改革模式的典型县(市)信用社为研究样本。目的是评价农信社法人治理结构改革的直接和间接成果，考察改革中存在的一些问题，并在此基础上提出相关的政策建议。本研究通过回顾已有的法人治理理论，对农信社法人治理结构进行定义，认为法人治理改革的关键在于明确而合理地配置农信社股东、董事会、经理人员和其他利益相关者的权力、责任和利益，从而形成其有效的制衡关系。介绍了农信社法人治理改革内容，对样本农信社法人治理改革的现状进行比较分析，在理论与现状的分析基础上，用层次分析法构架了农信社法人治理结构评价体系，然后用此评价模型从股本结构与股东权利、董事会的运作、监事会的运作、财务监督四个方面对样本农信社的法人治理结构进行了总体评价，对其改革进行深入分析，找出影响农信社法人治理结构改革的关键要素。在此基础上，进一步分析目前农信社法人治理结构存在的一些问题：股权过度分散；法人治理结构形式优于实质；内部治理条件尚不成熟；缺乏约束—激励机制；资产规模过小；抗风险能力不足；农信社内部经营管理制度仍需进一步完善；省联社的作用需要进一步发挥。从提高农信社法人治理结构的有效性角度，为下一步改革提出了对策和建议：在内部治理方面，要进一步完善股本结构；发挥董事会的核心作用；建立名副其实的监事会制度，完善内部监督机制；建立有效的激励和约束机制；加强农信社内部的经营管理；制定农信社人力资源发展规划，增强农信社竞争力。在外部环境方面，引入竞争机制和退市机制；省联社要确定适当的行业管理标准，对农商行、农合行及农信社的管理应该区别对待；成立江苏省商业银行；尽快制定《合作金融法》，通过法律形式来规范农村信用社改革。