产业创新是产业结构调整和升级的关键，产业创新能力的提升是一个地区和国家竞争力提升的表现。产业创新活动具有综合性、系统性和多层次性等特性，所以建立和完善产业创新系统显得尤其的重要。产业创新系统概念从多维度、综合的、动态演化的角度考察产业创新，能够更好的理解产业内企业与企业之间的关系、创新和生产过程、学习过程、协调演化过程等。已有的研究表明，我国产业创新系统的研究尚不成熟，有待在理论上的进一步完善。在产业创新系统运行机理方面的理论研究还很少，产业创新系统的理论体系还没形成，有大量的理论与实践问题需要我们进一步的探讨。因此，文章中对产业创新系统运行的机理研究具有重要的理论意义和实践意义。　　本文基于技术创新理论、演化博弈理论和系统理论，采用理论与实证相结合的方法，对产业创新系统运行的机理开展研究。研究了产业创新系统的内涵、构成要素、结构与结构特性、功能和运行动力，研究了产业创新系统运行的技术、组织和制度三个方面的机理，建立了产业创新系统运行的指标体系和综合评价模型，实证分析了我国高技术产业创新系统的运行情况。具体获得的研究结果有如下几个方面:　　产业创新系统运行的理论基础。首先，分析了产业创新系统的内涵和构成要素;接着，讨论产业创新系统构成模块、结构以及功能，最后，对产业创新创新系统运行的动力进行了分析以及高技术产业创新的特性。　　产业创新系统运行的技术机理。产业创新系统运行的基础是技术创新和技术扩散。企业的技术创新是一个自组织过程，文章中以技术创新成熟度为状态变量，建立了技术创新过程发展演化的动力方程，探讨了技术创新过程演化的影响因素，通过软件仿真也验证了，企业技术创新的演化除了演化的动力因素和阻尼因素外，在临界点上随机因素决定着技术创新的成功与否;企业的创新技术在企业和企业之间、产业和产业之间的扩散，发展为产业技术创新，取得规模经济和社会效应。创新技术在扩散的过程中受到各种因素的影响，主要的有竞争性技术和互补性技术对该项创新技术扩散的影响。文章分别对这两种情况建立了动力方程模型进行分析和仿真研究。针对竞争性技术，模型分析认为除了本身技术的优势外，对该项创新技术的投资强度也有重要影响，两项竞争性技术最终谁会在市场上取得成功，取决于该项技术本身优势和该项技术投资的综合因素。对于互补性技术，技术之间的互补强度和投资强度对创新技术的扩散重要的影响。　　产业创新系统运行的组织机理。产业创新系统的重要组织形式结构有产业创新网络。产业创新系统构建和运行的关键是产业创新网络中的参与者如何结网以及演化稳定性，文章中建立了演化博弈模型，分别研究了企业与企业、企业与中介机构的合作创新及稳定性问题。文章的研究认为企业与企业合作创新能否形成，不但取决于合作创新的收益能否大于不合作收益，还取决于系统中企业进行合作创新的意愿是否足够高。企业与中介机构合作创新能否形成，取决于合作后的收益能否大于合作前的收益，双方合作收益的大小受相互贡献度的影响。　　产业创新系统运行的制度机理。产业创新系统的运行需要制度来保障。产业技术创新活动具有正的外部性，产业技术创新的外部性会损害到创新者的收益，影响创新者的创新积极性，影响着产业创新系统运行发展，为了保障产业创新系统的健康发展，这就要求地方政府通过产业政策工具来介入。技术创新补贴政策是最常采用的政策工具，文章中建立了企业和政府的三阶段博弈模型，揭示了产业创新补贴制度的实施对产业创新具有拉动效应，获得政府对产业创新补贴的力度和产业技术溢出系数的等量关系。然后，研究了创新补贴政策实施中的信息不对称问题及对政策实施效果的影响，并讨论了矫正措施。　　最后，是对我国高技术产业创新系统运行的评价研究。文章构建了高技术产业创新系统运行的评价指标体系和评价模型，实证分析了我国五大高技术产业的运行情况。