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荷花(?)Nelumbo nucifera Gaertn)是我国的十大传统名花之一,也是我国重要的水生经济作物,品种间存在丰富的多样性。本研究利用SRAP和ISSR标记技术对64份荷花资源进行遗传多样性和亲缘关系研究,为荷花品种分类、种质资源的开发利用和遗传改良提供依据,主要研究结果如下：1.荷花SRAP-PCR反应体系的优化与确立以荷花(?)Nelumbo nucifera Gaertn)品种‘新红’叶片为材料,采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+和dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶、引物和DNA用量等5因素进行了优化,并确立了适用于荷花SRAP-PCR的最佳反应体系。荷花的SRAP-PCR最佳反应体系为：反应总体积为10μL,2.0mmol·L-1Mg2+.300μmol·L-1dNTPs、0.5U TaqDNA聚合酶、4μmol·L-1上下游引物、50ng DNA及10×PCR buffer;各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为：TaqDNA聚合酶>Mg2+>引物>dNTPs>DNA.运用48份荷花品种对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了条带清晰、多态性丰富的扩增图谱,证实了该体系的稳定性和适应性。2.荷花种质资源多样性的SRAP标记研究利用SRAP技术对13个类群的64份花莲品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析,结果表明：(1)21对SRAP引物共扩增出253条清晰条带,其中多态性条带233条,多态性比率(PPB)为92.10%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.3941,Shannon信息指数(I)为0.5741,表明在这些荷花种质资源中存在着丰富的遗传多样性；(2)供试品种之间的遗传相似系数为0.4110-0.8814,遗传距离介于0.1262-0.8890之间,存在亲缘关系较近的材料,也有遗传关系较远的品种；(3)聚类分析将64个品种分为中国莲和中美杂交莲两个类群,野生型基本聚在中国莲种系里,重台类的品种大致聚在重瓣类品种中,进一步将中美杂交莲重瓣与少瓣的品种大致分开,并在重瓣类群中把大株型和中小株型的品种大致分开。SRAP标记研究说明荷花形态特征与遗传关系有一定的相关性。3.荷花种质资源多样性的ISSR标记研究利用ISSR技术对13个类群的64份花莲品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析,结果表明：(1)12对ISSR引物共扩增出156条清晰条带,其中多态性条带127条,多态性比率(PPB)为81.41%,Nei’ s基因多样性指数(H)为0.3716,Shannon信息指数(I)为0.5409,表明在这些荷花种质资源中存在着丰富的遗传多样性；(2)供试品种之间的遗传相似系数为0.8910-0.4295,13个类群间的遗传相似系数为0.4808-0.9580,存在亲缘关系较近的材料,也有遗传关系较远的品种；(3)聚类分析将64个品种分为中国莲和中美杂交莲两个类群,野生型基本聚在中国莲种系里,重台类的品种大致聚在重瓣类品种中,进一步将中美杂交莲重瓣的与少瓣的品种大致分开,并在重瓣类群中把大株型和中小株型的品种大致分开。ISSR标记研究不仅明确了花莲不同品种及不同类群间的亲缘关系,还为荷花分类系统提供科学依据。4. SRAP和ISSR标记对荷花种质资源遗传多样性和亲缘关系结果的比较分析通过比较SRAP和ISSR两种分子标记对荷花多样性和亲缘关系的分析结果,发现两种标记的研究结果非常一致。从聚类结果可以看出,两种标记都将64个品种分为中国莲和中美杂交莲两个类群,野生型基本聚在中国莲种系里,重台类的品种大致聚在重瓣类品种中。中美杂交莲重瓣品种与少瓣品种大致分开,重瓣类群中大株型品种和中小株型品种大致分开。对基于两种标记的遗传相似系数矩阵进行相关性分析,结果表明,两种标记的遗传相似性呈极显著正相关(r=0.8560>r0.01,N=2016),进一步验证了两种聚类结果的一致性,两种标记都可以有效地用于荷花资源遗传多样性和亲缘关系的研究。