生态系统服务是目前生态学前沿研究领域，针对目前研究涉及农业生态系统少、服务价值测算方法多而杂、对服务价值市场转化及纳入政府决策过程的应用关注不足等问题，本论文以国内外最新的生态系统服务理论与方法研究为基础，结合农业生态学、农学的基本原理，对农业生态系统服务的理论、方法及其若干应用进行探索性地研究，论文研究主要进展与结论如下： (1)引入自然生态系统服务的理念综合认识农业生态系统，针对农业生态系统自然与人工的“双重”属性，定义了农业生态系统服务的概念是指农业生态系统及其生态经济过程向人类所提供的一系列功能与效益和所维持的人类赖以生存的环境，并厘定了其服务功能内涵。在此基础上分析了农业生态系统服务功能与社会经济系统、全球生态环境的关系，农业生态系统服务功能的形成机制、影响农业生态系统服务功能的因素等重要理论问题。 (2)在理论分析的基础上从技术可行性和数据可获得性出发，初步确定了农业生态系统服务价值评价的指标，并对每个指标可行的具体测算方法进行筛选。选择了代表生态脆弱型农业系统的内蒙古阴山北麓5旗(县)和代表集约持续高效型农业系统的湖南省益阳市稻—鸭农田生态系统为案例进行服务价值测算评价，结果表明了本研究提出的指标和方法能够较好地适用于农业生态系统服务的评价与应用，为农业生态系统服务能够在更大范围应用奠定了基础，初步弥补了目前研究存在的方法多、杂等不统一、不确定的不足。 (3)基于生态系统服务价值提出了“农业绿色GDP=农业产品价值+农业生态服务价值-直接生产成本-间接生态代价”的农业生态系统绿色核算公式。以陕西省安塞县为案例研究，结果表明：安塞县2000年农业常规GDP为1.89亿元、农业绿色GDP为51.14亿元，分析得出安塞县农业经济的获得背后至少有62.28％生态环境代价是依靠其农业生态系统的服务来提供和补偿的。通过本研究提出的农业绿色核算方法可为农业生产决策和农业生态环境的保护提供依据，使得农业生态系统服务的价值能够在政府决策过程中得到应用。 (4)提出了生态系统服务价值市场转化(率)的概念，分析表明通过市场转化利用生态系统间接服务价值极具可行性，并初步提出了生态系统服务形成生态产业的模式。以山东省东营市芦业集团为研究分析案例，得出其未来战略重点应在芦苇湿地的景观娱乐、文化教育及科研等间接服务价值的开发利用，这将使得企业的2.49亿元/年的生态服务价值转化率从目前的8.23％提到到50.15％以上。通过理论探索与案例分析，这种基于生态系统服务价值的市场转化利用的生态企业发展模式具有可行性，是值得进一步研究探索的模式。 (5)以目前生态补偿的难点问题——补偿量化确定为突破口，基于农业生态系统服务价值的测算确定了农业生态补偿量化确定方法，并以陕西安塞县、内蒙古武川县为例进行了实证分析。得出安塞县的生态补偿量为1289.86万元，占GDP的2％，武川县保护性耕作的生态补偿量是551.25～7699.49元/hm2。从案例研究结果来看，本研究确定的农业生态补偿量化方法得出的数额基本适应了区域经济发展水平的支付能力，可以作为政府决策的参考依据。