巴西橡胶树snoRNA的发掘鉴定及其在胶乳再生中的作用研究

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巴西橡胶树是大戟科橡胶树属植物,其树干韧皮部乳管细胞所产生的胶乳是天然橡胶树的主要来源。然而,由于我国植胶区位于热带北缘,受风、寒、旱、瘠4大环境因子的约束,我国天然胶乳单位产量相比于传统种植区要低的多。橡胶树胶乳再生在排除出后必须在第二次割胶前得到快速再生,才能保证割胶生产连续进行。因此,橡胶树胶乳再生能力使其高产的生物学基础。SnoRNA由于参与rRNA修饰加工,很有可能会参与胶乳再生的调控。本研究从橡胶树中发掘并验证在胶乳中特异性表达的snoRNAs,研究其表达水平对胶乳再生的作用。主要研究结果如下:1.对橡胶树的胶乳和叶片建立测序文库后,用Pair-end 2×100碱基策略进行ncRNA测序。结合现有的橡胶树EST数据和基因组数据进行生物信息学分析,使用snoScan和snoSeeker软件预测出50个具有典型C/D家族或H/ACA家族特征且可能在乳管中特异表达的snoRNAs分子,分别是21个C/D guide snoRNAs,1 个 C/D orphan snoRNA,1 个 H/ACA guide snoRNA 和 27 个 H/ACA orphan snoRNAs 。2.半定量PCR实验验证并筛选其中31个是乳管特异性表达snoRNAs,分别是 12 个 C/D guide snoRNAs,1 个 H/ACA guide snoRNA,18 个 H/ACA orphan snoRNAs 。3.比对拟南芥和其他模式生物上已知的rRNA修饰位点,从橡胶树rRNA序列上查找出潜在的修饰位点,并通过软件预测了其中13个guide snoRNAs的修饰靶位点。4.在橡胶树杂交群体中分析31个snoRNAs的表达量数据与单株胶乳产量、TSC/C的相关性情况,筛选出13个与这2个指标较为相关的snoRNAs,分别是3 个 C/D guide snoRNAs,1 个 H/ACA guide snoRNA,9 个 H/ACA orphan snoRNAs。5.Spearman相关性分析重要相关snoRNAs的表达水平对胶乳再生的影响,发掘出1个与胶乳再生重要相关的snoRNA。这些研究结果对于深入研究橡胶树胶乳代谢和胶乳再生机制具有重要意义,也为橡胶树产量早期预测和品种早期选择提供了新的思路。
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