在东、黄海海域采集了2010年春季14个站位（28°21′00″－34°00′00″N，121°17′24″－123°15′00″E），2011年春季29个站位（28°10′12″－30°30′00″N，121°57′00″－123°30′00″E）的表层沉积物样品，以及长江口海域附近za3站位（29°31′12″N，122°37′48″E）的135cm柱状沉积物样品，分析其中甲藻孢囊的种类多样性和生态地理分布，研究其在东、黄海海域的水平和垂直分布特征及变化规律，反映海域浮游植物状况以及赤潮发生历史，揭示甲藻孢囊分布与海域工业污染及富营养化的关系，有利于预测水体中营养细胞群体动态和未来赤潮发生潜势。根据孢囊的形态特征，可将观察到的孢囊分为六大类、30种甲藻孢囊，其中膝沟藻类孢囊（Gonyaulacoid）5种，Tuberculodinioid类孢囊1种，钙质类孢囊（Calcoidinellid）4种，裸甲藻类孢囊（Gymnodinioid）4种，原多甲藻类孢囊（Protoperidinioid）15种，翼藻类孢囊（Diplopsalid）1种。东海海域异养型甲藻的孢囊特别是原多甲藻孢囊占较大比重，说明海域富营养化严重。2010年沉积物样品中观察到26种甲藻孢囊，孢囊密度为5-362cysts/g D W，Shannon-Weaver种类多样性指数H’为0.97-4.11。2011年样品中观察到30种甲藻孢囊，孢囊密度为8-283cysts/g D W，Shannon-Weaver种类多样性指数H’为1.50-4.31，两年的优势种均为锥状斯氏藻（Scrippsiella trochoidea）孢囊，且样品中均发现产生麻痹性贝类毒素（PSP）的塔玛亚历山大藻孢囊（Alexandrium tamarense）的分布。对2010-2011年东、黄海海域表层沉积物中甲藻孢囊分析表明：甲藻孢囊的种类数、总孢囊密度在东海海域的站位高于黄海海域的站位，在东海海域，甲藻孢囊种类数、孢囊密度、锥状斯氏孢囊密度、亚历山大藻孢囊密度自西向东，从南到北有增加的趋势，离河口地区越远，种类与数量较丰富。最高值均出现在zb11站位，说明距离河口越远，颗粒物沉降速度下降，利于孢囊沉积，孢囊密度较高。za3站位柱状沉积物样品中观察到29种甲藻孢囊，孢囊密度为1-305cysts/g D W，各层甲藻孢囊的种类数、总孢囊密度、锥状斯氏藻孢囊密度、亚历山大藻孢囊密度在0-25cm深度的样品中相对较高，25cm深度以下的样品密度降低，呈现明显的垂直变化规律，表明近三十年来该海域工业污染和富营养化水平日趋严重。原多甲藻类孢囊在每层都能观察到，表明此类孢囊不仅在世界海域分布广泛，而且存在年代久远。2011年三个站位的样品中存在一种外海远洋种钙质孢囊Posoniella tricarinelloides，此孢囊虽然未发现在za3站位表层沉积物中，但是却存在于此站位0-25cm深度的柱状沉积物中，孢囊密度在2-34cysts/g D W，表明此种孢囊在本海区已经有分布，但至今未见其营养细胞在水层分布的报道。