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大豆疫霉（Phytophthora sojae M.J.Kaufmann&J.W.Gerdemann）引起的大豆疫病是大豆的毁灭性病害。最有效的病害控制策略是利用含有抗疫病基因（Rps gene）的品种。1.大豆品种华春18抗性反应类型与其他含有已知抗疫病基因的品种均不相同,基因推导含有新的抗病基因。以华春18和感病品种吉科豆2号杂交产生F2:3群体作为抗性分离群体进行抗性遗传分析,发现华春18对大豆疫病的抗性由一个显性单基因控制,定名为RpsHC18。对F2:3群体的进行QTL-seq分析,将RpsHC18候选区域定位在大豆3号染色体上一个767 kb基因组区域。进一步对候选区域进行精细作图,将RpsHC18候选区域缩减至146 kb。对10个大豆基因型的146kb目标区域进行nsSNPs分析,结果显示,仅在华春18中的两个NBS-LRR基因中存在四个特异性nsSNPs,因此这两个基因被认为是RpsHC18候选基因,分别定名为RpsHC18-NBL1和RpsHC18-NBL2。最后,基于两个候选基因的nsSNP标记开发了RpsHC18的特异性标记并进行有效性和特异性验证,发现这些标记能够有效区分RpsHC18和其他已知抗疫病基因。2.在前期研究中,我们在大豆品种早熟18的2号染色体上鉴定了一个新的抗疫病基因RpsZS18。本研究对RpsZS18进行精细定位。以早熟18和感病品种Williams杂交产生的232个F2:3家系为作图群体,首先用大豆2号染色体上的SSR标记构建RpsZS18遗传连锁图,获得与RpsZS18紧密连锁的侧翼SSR标记ZCSSR33（0.9 cM）和ZCSSR46（0.5 cM）。基于亲本之间全基因组重测序数据鉴定和开发InDel标记,进一步将RpsZS18候选区域缩小到71.3 kb。利用14个大豆基因型全基因组重测序数据对RpsZS18基因组区域进行单倍型型分析,结果在早熟18中发现了6个特有的单倍型的基因。最后,对6个早熟18特有单倍型基因进行差异表达分析,结果显示,一个含延伸因子蛋白质编码基因（Glyma.02g245700）,碳水化合物激酶编码基因（Glyma.02g245800）和一个没有功能注释的基因（Glyma.02g246300）均显著上调表达,推测可能是RpsZS18的候选基因。3.前人将大豆抗疫病基因RpsYD25初步定位在3号染色体,本研究对RpsYD25进一步进行精细定位。利用早熟18和豫豆25杂交产生的165个F2:3家系重新构建RpsYD25遗传连锁图,将其定位在3号染色体SSR标记Satt1k3（2.2cM）和BARCSOYSSR030253（4.5 cM）之间。利用这两个标记对早熟18和豫豆25杂交衍生的1127个F3:4家系进行重组交换家系筛选,基于两亲本全基因组重测序数据在候选基因组区域开发分子标记鉴定重组家系的重组位点,最终将RpsYD25定位一个101.3 kb区域。该区域中含有3个基因模型,其中一个是具有锌离子结合蛋白和核酸结合蛋白结构域的基因Glyma.03g034700,另外两个是具有典型抗病结构的NBS-LRR基因Glyma.03g034800和Glyma.03g034900,推测这3个基因为RpsYD25的候选基因。对RpsYD25共分离的SSR标记进行有效性验证发现SSR40能够有效用于分子标记辅助选择育种,用来检测RpsYD25。