糖原是牡蛎生长和发育的主要能源物质，并且影响长牡蛎贝肉的质地和味道。糖原合酶和糖原磷酸化酶是参与糖原代谢的一对关键酶。糖原代谢的短期调节主要是通过反馈机制而进行的各种酶的调控作用，而长期调节则是由参与糖原代谢通路编码酶基因的表达水平而调控的。糖原合酶基因和糖原磷酸化酶基因的表达水平已被发现与长牡蛎糖原含量在糖原代谢中的季节性变化相一致，符合牡蛎将糖原作为主要能量物质用于配子发生和性腺成熟过程的自然生理现象。长牡蛎基因组中存在的大量SNPs标记为候选基因的多态性与长牡蛎经济性状之间的相关性研究提供了丰富的材料基础。单倍型是同一染色体上多个SNPs位点中核苷酸碱基的线性排列，以其为分子遗传标记进行相关性分析比单个SNP标记更加有效。本研究随机选取来自5个全同胞家系的322个长牡蛎个体，以长牡蛎糖原合酶基因（Cg-GYS）和长牡蛎糖原磷酸化酶基因（Cg-GPH）作为糖原代谢相关性分析的候选基因，将其编码区单核苷酸多态性（SNPs）与生长性状（包括壳高、壳长、壳宽、总体重以及软体部重）和糖原含量（%干重）进行了相关性研究。1.长牡蛎糖原合酶基因多态性与生长及糖原含量相关性研究在长牡蛎糖原合酶基因的1420bp扩增片段中共检测到41个SNPs位点，全部位于外显子编码区域，编码区SNPs平均密度为1/35bp。6个编码区SNPs位点与糖原含量存在显著相关性（P <0.01）。与生长性状相关联的SNPs由于数量较少，因此未进行后续单倍型与性状之间的相关性分析。通过连锁不平衡所构建的4种SNP单倍型中，长牡蛎糖原合酶基因的H3（GGAATC）单倍型在糖原含量方面显著低于其他3种SNP单倍型（P <0.05）。其中，具有H2（GAGGAT）单倍型个体的糖原含量极显著高于具有H3单倍型个体的糖原含量（P <0.0001），因此，H2单倍型可能是导致长牡蛎高糖原含量的SNP单倍型。2.长牡蛎糖原磷酸化酶基因多态性与生长及糖原含量相关性研究在长牡蛎糖原磷酸化酶基因的1940bp扩增片段中共检测到82个SNPs位点，其中63个SNPs位点位于外显子区域，1个SNPs位点位于5’-UTR区，18个SNPs位点位于3’-UTR区，编码区SNPs平均密度为1/25bp；5个SNPs位点与生长性状存在显著相关性（P <0.05），未检测到与糖原含量相关SNPs。生长性状关联SNPs位点构建的6个SNP单倍型中，Cg-GPH基因的H6（CTGAT）单倍型在总体重性状方面均显著高于其他5种SNP单倍型（P <0.05），表明H6单倍型可能是对长牡蛎体重增加最有利的SNP单倍型。