桃[Prunus persica (L.) Batsch]系蔷薇科李属植物,我国是世界桃的起源中心,经过长期的品种演化、栽培和定向选育过程,积累了极其丰富的种质资源,这些资源对于优质新品种的选育和种质创新具有重要的意义,更为我国桃产业发展提供了坚实的基础。桃种质资源的遗传评价已经从形态学、细胞学、孢粉学、同功酶、RAPD标记等方面展开,获得了一些桃种群发生和系统演化的结论,SSR标记作为一种稳定的共显性标记具有很高的多态性,在欧美桃的遗传评价中已经广泛应用。本研究采用SSR标记技术对国家果树种质南京桃圃中收集、保存的38份蟠桃种质和123份黄肉桃种质进行了遗传多样性鉴定和亲缘关系分析,以期为蟠桃和黄肉种质的利用和系统演化提供分子依据。1、蟠桃遗传多样性和亲缘关系的SSR鉴定结果：利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物,对38个蟠桃品种和9个具有典型生态类的桃品种进行了鉴定分析。SSR扩增结果表明,24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。利用筛选出的位于8个连锁群的14对SSR引物,能将所有试材一一区分,根据多态性条带在品种中的分布,构建了蟠桃分子指纹检索表；38份蟠桃资源中的12份在指纹图谱上出现特异条带,分别是白蜜蟠桃、五月鲜扁干、碧霞蟠桃、美国蟠桃、玉露蟠桃、陈圃蟠桃、离核蟠桃、124蟠桃、香金蟠、农神、瑞蟠3号、黄露蟠桃,这些资源可作为特异蟠桃资源重点保存。PopGene32软件进行的遗传多样性发现,蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.2425,平均Shannon信息指数(Ⅰ)为0.3798；南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.2038,Shannon信息指数为0.3163；北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.2449, Shannon信息指数为0.3824。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.0659),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.0861有关。利用NTSYS软件进行的蟠桃UPGMA聚类分析结果表明,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,但北方品种群中新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠也出现在南方品种群中；其他所有北方品种群的蟠桃品种也聚于同一类群。该聚类结果从SSR水平上验证了蟠桃多起源假说。2、黄肉桃种质资源的遗传多样性与亲缘关系的SSR鉴定结果：利用28对SSR引物(其中的26为已定位于桃参考图谱上8个不同的连锁群上)对123个黄肉桃品种和20个其它类型桃品种为试材,进行了国内外的黄肉桃种质资源遗传多样性研究。SSR扩增结果表明,28对SSR引物共扩增出206个位点,多态性位点159个多态率为76.56%。具有特异位点的黄肉桃品种为黄离胡、火炼金丹、中熟黄离核、橙香、锦绣、佛尔蒂尼莫蒂尼、大金旦、龙1-2-4、矮油桃1号、艾维茨、蓓贝勒、哈根、春金、卡路纳,这些品种应作为黄肉桃种质资源重点加以保护。通过PopGen32软件分析发现,黄肉桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.1453,平均Shannon信息指数(Ⅰ)为0.2299。黄肉桃群体间的遗传多样性比较发现,遗传多样性最高的为中国地方黄肉桃品种群,其次为美洲桃育成黄肉品种群、亚洲育成品黄肉桃种群和欧洲育成黄肉桃品种群。黄肉桃群体间存在较大的基因分化系数(Gst=0.1329),遗传变异有很大一部分是来自群体间,可能与其较小的基因流Nm=3.2613有关。利用NTSYS软件进行的蟠桃UPGMA聚类分析结果表明,SSR标记的聚类结果基本与地理起源和系谱关系相吻合,美国、欧洲和亚洲的育成黄肉桃品种聚为一类(Ⅰ类)；云南、华北、西北地区的地方黄肉桃品种聚为一类(Ⅱ类)；桃亚属的野生种或近缘种聚于黄桃品种的外侧(Ⅲ类)。因为相互利用种质作为亲本的缘故,育成品种类群(Ⅰ类)聚为6个亚类,且欧洲、美国、亚洲三地的育成品种间明显存在交叉,中国和日本育成黄肉桃品种位于Ⅰ-2亚类中；欧洲育成黄肉桃品种位于Ⅰ-2、Ⅰ-3亚类中；美国育成品种则分布于所有6个亚类中。中国地方品种类群(Ⅱ类)中,大部分来自新疆的黄肉桃品种聚于大群体(Ⅱ-1)之外,形成Ⅱ-2群体,并且与北方蜜桃和桃亚属野生种的亲缘关系较近,可能是因为新疆黄肉桃比较特殊或原始的缘故。群体间的聚类结果表明,我国地方黄肉桃品种群体与育成品种群体间亲缘关系较远；美国、亚洲和欧洲育成品种群体间相对亲缘关系较近；亚洲育成品种群体与美国育成品种群体间亲缘关系最近,首先聚为一类,其次为欧洲育成品种群体。中国地方黄桃品种群体在黄桃遗传构成中起着重要作用,但在育种中应用较少。