编码RNA CRIP1在急性髓系白血病中的表达水平及其临床意义研究

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目的CRIP1在肿瘤的发生发展中扮演着重要作用,其在实体瘤中的研究越来越多,但是在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)中却鲜有报道。本研究的目的是评估CRIP1在AML中的表达水平、临床意义以及可能参与的调控机制。方法采用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,RQ-PCR)检测138例AML患者和38例正常对照中CRIP1表达的水平。收集患者临床数据,评估其临床意义。通过甲基化特异性PCR(Methylation‐specific PCR,MSP)和亚硫酸氢盐测序PCR(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测AML中CRIP1基因启动子的甲基化态势。评估CRIP1在AML中的表达水平与其甲基化的相关性。收集公共数据库资料,进一步分析来自癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达综合库(Gene Expression Omnibus,GEO)的五个公开可用的AML数据集,进一步验证我们的结果。通过网络数据库预测可能调控CRIP1在AML中表达水平的microRNA,用AML标本分析筛选的microRNA表达水平、临床意义及其与靶基因CRIP1的相关性。结果本组AML患者根据CRIP1中位表达水平1.330分为低表达和高表达两组,CRIP1高表达组患者的白细胞(white blood cell,WBC)计数明显高于CRIP1低表达组(P=0.002)。CRIP1高表达组患者的血红蛋白计数低于CRIP1低表达组(P=0.046)。CRIP1高表达组中获得完全缓解(complete remission,CR)的病例数明显低于CRIP1低表达组(P=0.020)。Kaplan-Meier分析表明,在整体AML患者和正常核型AML(cytogenetically normal AML,CN-AML)患者中,CRIP1高表达组的总体生存时间(overall survival,OS)均短于CRIP1低表达组(P值分别为0.013和0.007)。在Non-M3 AML患者中,有这样一个趋势:CRIP1高表达组患者的OS比CRIP1低表达组患者短(P=0.057)。而在CNAML患者中,CRIP1高表达组的无白血病生存时间(leukemia-free survival,LFS)也较CRIP1低表达组短(P=0.012)。Cox回归分析发现,CRIP1高表达是影响CN-AML患者不良预后的独立危险因素(P=0.005)。这些结果在TCGA数据集和GSE12417数据集中得到进一步验证。公共数据库中,CN-AML患者CRIP1高表达组患者的OS和LFS均比CRIP1低表达组患者更短(P<0.05)。而且,CRIP1在获得CR的AML患者中的表达水平较初诊AML患者明显下调,在复发的AML患者中表达水平明显上调(P<0.05)。对9例AML患者的连续样本分析显示,同一AML患者中获得CR期的CRIP1表达水平较初诊时明显下调(P=0.005)。通过MSP检测CRIP1甲基化水平,结果发现CRIP1的甲基化水平在对照组和AML患者之间无明显差异(P=0.535)。随机挑选两名对照和两例AML患者进行BSP验证MSP结果的准确性。与MSP结果一致,健康对照者和AML患者的CRIP1启动子几乎都呈现完全未甲基化的状态。在数据集GSE63409(n=74)中进行了甲基化差异分析(FDR<0.05,log2 FC>2),在正常对照与AML患者中产生了1628个甲基化水平显著下调的基因(FDR<0.05,log2 FC>2),但是并不包括CRIP1。Spearman相关性分析显示,AML患者中CRIP1表达水平和CRIP1甲基化水平之间没有相关性(R=-0.027,P=0.855)。而且公共数据库TCGA数据集中的数据也支持我们的结果(R=-0.014,P=0.858)。通过网站数据库筛选出两个可能靶向调控CRIP1的microRNA,分别是miR-299-5p和miR-3173-5p。我们在AML标本中研究了两个microRNA在AML中的表达情况、临床意义及其与CRIP1的相关性。结果显示miR-299-5p高、低表达组之间在性别、年龄、血红蛋白计数、血小板计数中均无显著差异(P>0.05)。然而,miR-299-5p低表达组患者的WBC计数明显高于miR-299-5p高表达组(P=0.007)。miR-299-5p低表达组患者的骨髓原始细胞计数明显高于miR-299-5p高表达组(P=0.019)。miR-299-5p低表达组获得CR的病例数明显低于miR-299-5p高表达组(P=0.031)。AML患者中,染色体危险程度分组及染色体具体核型,均与miR-299-5p表达水平相关(P值分别为0.002、0.011)。而且miR-299-5p低表达组NPM1突变率明显高于miR-299-5p高表达组(P=0.028)。但是miR-3173-5p高、低表达组之间在性别、年龄、WBC计数、血红蛋白计数、血小板计数、骨髓原始细胞计数、染色体危险程度分组、染色体具体核型及常见基因突变中均无显著差异(P>0.05)。miR-299-5p低表达组获得CR的AML患者较miR-299-5p高表达组明显减少。这与CRIP1高表达组获得CR的AML患者较CRIP1低表达组明显减少,刚好相反。而miR-3173-5p低表达组的CR率较miR-3173-5p高表达组未见明显差异(P>0.05)。通过Spearman分析进一步探究了miR-299-5p和miR-3173-5p与CRIP1在AML中表达水平的相关性,结果显示,CRIP1在AML中的表达水平与miR-299-5p(R=-0.050,P=0.624)和miR-3173-5p(R=-0.111,P=0.277)均不相关。结论CRIP1高表达是影响CN-AML患者不良预后的独立危险因素;CRIP1表达水平可用于疾病监测;CRIP1启动子在AML和对照中可能均呈未甲基化状态,且CRIP1在AML中的表达水平可能不受其甲基化调控;CRIP1在AML中的表达水平可能不受miR-299-5p或miR-3173-5p调控。
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