云计算的出现给传统网络环境下的个人隐私与商业秘密保护带来了严峻挑战。理论界目前主要是对云计算信息安全与个人隐私方面的研究，而针对商业秘密保护方面研究不足。技术变迁带来商业秘密的扩张，传统商业秘密的保护在云环境下同样适应，与此同时，云计算环境下商业秘密出现如下几个新特征，一是商业秘密安全的不确定性，二是商业秘密客体动态变化，三是对商业秘密采取保密措施认定的复杂性。云环境下商业秘密保护面临的制度困境主要体现在：商业秘密侵权案件司法管辖错综复杂，举证困难；《爱国者法案》的颁布实施无限制的扩大了美国司法管辖范围，我国企业使用美国公司提供的云服务隐藏着商业秘密不安全的风险。现阶段，企业跟云服务商之间都是通过电子合同来约定双方的权利义务，通过对国内外主要云服务商电子合同的实证研究，重点分析免责条款，司法管辖条款，以及责任承担等影响商业秘密保护的条款，发现实践中云服务合同存在着大量的不合理条款，对企业的商业秘密保护影响巨大。针对上述问题，需要完善商业秘密相关立法，发挥政府的主导作用建立云服务商的备案制度，规范第三方的认证机制等。为完善云环境下商业秘密保护制度，可重点借鉴欧盟相关法律制度，并结合我国的实际国情，走行业自律与政府规制相结合的道路。同时在电子合同中应该明确各方的权利义务，合理适用免责条款，规定责任承担条款。云环境下商业秘密保护是一个全球化的问题，有必要加强国际合作，签订云中商业秘密保护的国际公约。