管理层凌驾内部控制是当前内部控制有效运行面临的最大障碍，也是当前遏制管理层舞弊的最脆弱点。为了有效防范管理层凌驾内部控制，构建管理层凌驾内部控制预警指标体系无疑是一项重要举措。本文以我国上市公司为研究对象，采用理论分析法、统计分析法、多元回归分析法和案例分析法，分别对管理层凌驾内部控制的含义、本质特征、具体表现、形成机理、影响因素、凌驾预警指标体系及其运用等多方面进行了较全面系统的研究，得到了如下结论：（1）管理层凌驾内部控制本质上是管理层实施舞弊的一种手段，是一种新的舞弊形式。（2）管理层凌驾内部控制的形成机理，是管理层凌驾内部控制是由凌驾内在动机和凌驾外在条件共同作用的结果。（3）按照凌驾形成机理，从管理层凌驾内部控制的内在动机和外在条件两个视角来分析凌驾的影响因素，通过多元回归分析构建了管理层凌驾预警指标体系，同时比较了三种多元回归分析判定模型的预警效果。从实际效果来看，Logistic模型和PROBIT模型的判定的准确率是相同的，且两种模型的预警效果要优于LPM模型，所以，本文选择了Logistic模型作为管理层凌驾的判定模型。（4）通过在典型上市公司中进行案例分析，简要阐述了管理层凌驾内部控制预警指标体系在公司治理和内部控制评价中的运用。具体而言，在公司治理中主要包括预警指标计算主体的确定、预警指标计算可靠性的保证、预警信息系统的建立及预警信息的处理三方面的运用；在内部控制评价中主要包括确定管理层凌驾内部控制的存在性、评估管理层凌驾内部控制可能的影响、为确定遏制管理层凌驾内部控制的策略提供依据三方面的运用。