背景：早期癫痫性脑病(early-onset epileptic encephalopathies, EEEs)是指发生在新生儿或婴儿早期由反复临床惊厥或发作间期严重痫样放电导致认知、运动全面落后、重度智力障碍等神经系统后遗症的一类综合征。本病病因复杂,在排除获得性脑损伤、脑结构异常、代谢性疾病、染色体病及表型明确的单基因病外,目前仍有半数病因不明。已有的研究证明不明原因早期癫痫性脑病可能与遗传因素密切相关,并且早期癫痫性脑病又是一种遗传异质性很强的综合征,目前已明确致病基因有18个。自2009年以来国外相继对不同类型癫痫以及癫痫性脑病患者行全基因组拷贝数变异分析发现8%-10%患者携带可疑致病性拷贝数变异,但国内尚无类似研究报道。目的：总结不明原因早期癫痫性脑病患儿临床特点,并进行全基因组拷贝数变异检测,寻找致病性微缺失/重复,为明确诊断、遗传咨询提供理论依据。方法：收集2012年7月至2013年12月我院诊断为不明原因早期癫痫性脑病患儿临床资料进行分析,包括性别、现病史、个人史、家族史、头围、血生化检查、脑电图、智力测定、颅脑影像学检查、尿有机酸/血串联质谱分析、染色体核型分析、治疗和预后。采集患者及其父母外周血抽提gDNA,应用SNP array技术对患者行全基因组拷贝数变异检测后做生物信息学分析,结合荧光原位杂交技术(Fluorescence In Situ Hybridization, FISH)进行验证及父母来源分析,寻找致病性/可疑致病性拷贝数变异。结果：87例不明原因早期癫痫性脑病患儿诊断婴儿痉挛症51例,大田原综合征4例,婴儿严重肌阵挛性癫痫3例,余29例分型不明确。除外1例领养儿,86例患儿家族中有阳性病史者17.2%。颅脑影像学检查提示35%患儿脑发育不良或脑萎缩,小头畸形者占17.2%。87例患儿中48例治疗有效,27例无效,7例死亡,5例失访。77.0%患儿伴有中重度智力障碍。全基因组拷贝数变异分析结果：10人发现13个致病性／可疑致病性拷贝数变异：1q43-q44微缺失合并9p24微重复新发突变、2q37.3微缺失(母源性)、2q24.3-q31.1微缺失、3p24.1-23微重复、3q25.32-25.33微重复合并17q12微重复、4q28.3微重复合并14q12微重复、8q24.22-24.3微缺失、11p11.12微重复、17p12微缺失、15q11.2微重复。结论：不明原因早期癫痫性脑病治疗困难、致残致死率高,预后差。本研究通过全基因组拷贝数变异分析,发现11.5%患儿携带致病性/可疑致病性拷贝数变异,并且定位了1个新的癫痫脑病候选基因：KCNK9;该研究不仅丰富了癫痫脑病基因型数据库,促进对不明原因早期癫痫性脑病病因学的进一步认识,为患者家庭再生育的遗传咨询提供了理论依据。