云南是我国物种资源，生态系统和景观类型最丰富的省份，同时又是一个经济尚不发达，贫困面较大的边远地区，在保护生物多样性呼声日益高涨和经济发展进程不断加快的形式下，承受着所前所未有的双重压力。本课题应用生物地理学、民族生物学的理论、原理和3S技术与参与式快速评估等技术方法，对云南生物多样性形成的背景条件，组成与结构特征，地理区划和多样性测度与评估等进行了系统的研究，为制定云南生物多样性保护的策略方法和重点提供科学依据。主要研究结果为：(1)云南所处的地理位置，地形地势和大气环流三大因素决定了云南生物多样性的丰富性和复杂性。即：位于亚洲三大自然地理区域的结合部位；北高南低的“三梯层、四层面”复杂的地形地势，纬度和海拔的同向“叠加效应”，极大地加剧了南北温度梯度的变化；西南、东南季风的泽惠和南支西风交替影响，造成气候的区域性差异和多样化类型。(2)分类、排序和命名了云南具代表性的50个景观类型，总结了主要特征与分布规律；提出了云南生态系统多样性的“窄幅高密地带性分布规律”与不同地带下的“双向垂直分布系列”组合的特征，并研制了32个代表性生态系统类型与海拔、经度、热量和水分相互关系的空间分布格局图。(3)总结了云南物种多样性的6个显著特征，即：①种类组成丰富；②新类群比重大；③特有现象十分突出；④区系地理成分构成复杂；⑤植物区系起源古老；⑥高比例的珍稀濒危保护物种。(4)完成了“云南生物地理区划”研究，全省共区划为10个生物地理区域，建立了各区生物多样性基本信息数据库，并确定了云南优先重点保护的区域、生态系统类型和物种。(5)研究论证了生物多样性对山地生态环境的稳定有了不可替代的功能和作用；提出了适用于生物区系多样性测度的方法，即：“区系相对集中度”概念和公式；建立了由5个评估大类，24个测评指标，90余个变量数组构成的生物多样性与生态环境测评体系，测评结果表明全省生物多样性得分60，生态环境得分40，生物多样性与生态环境恶化势头已得到有效控制，但仍面临经济发展、人类活动和环境变化的巨大压力。(6)提出了自然地理环境类型决定着人类文化形成的类型和发展方向；生物多样性的组成结构决定着文化多样性的组成与内涵；传统文化对云南生物多样性保护有重要影响；生物多样性与自然环境多样性和文化多样性是相互紧密联系，互为依存协同进化的整体。 (7)提出了云南生物多样性保护的策略与方法即：现代保护体系必须与传统保护体系紧密结合，充分发挥传统文化在生物多样性保护管理中的特殊功能和作用；推进社区参与式共建管理，并通过合理的可持续利用，实现长远而有效的保护。