随着科技的高速发展，对原子频标和频标比对精度的要求也愈来愈高，设计出能实现高精度频标比对的仪器设备，在当今的时频测量领域有着十分重大的意义。本文是在对两个周期性信号之间的相位差变化存着周期性的规律的认识上，借鉴已有的频标比对方法，在相位重合点理论的基础上，提出了一种基于相位重合点检测技术的双相检频标比对新方法。文中对相位重合点检测理论进行了详细的阐述，介绍了该理论在该频标比对系统中的应用，并论述了可行的实现方案。该系统采用脉冲填充相位差门时信号并对之进行计数的方法，同时对两路鉴相脉冲进行填充计数并根据计数值得到鉴相曲线后，将两组曲线进行组合，巧妙地消除了传统鉴相曲线中存在的死区和非线性现象，得到满周期内的无“死区”高线性鉴相曲线。文中给出了该系统整体工作原理的详细介绍以及硬件和软件的具体实现。实验证明该方法具有测量精度高、系统易于实现、体积小，可靠性高等特点。