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棉花黄萎病是一种世界范围内的土传病害,给新疆地区棉花生产造成了巨大的经济损失。以往的研究报道了棉花黄萎病能够影响根际及土壤微生物群落结构,但是影响根部内生细菌和真菌群落结构的情况尚无报道。本研究采用微生物常规平板分离培养和变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, DGGE)相结合的方法,系统研究了健康棉株和发病棉株根部内生细菌和内生真菌群落结构的多样性。主要研究内容和结果如下：1.棉花根部内生细菌研究(1)棉花根部可培养内生细菌研究：平板分离培养出549株内生细菌,主要分布在变形菌门 (Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)三个门7个属的17个种。假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、芽胞杆菌属(Bacillus sp.)和沙雷氏菌属(Serratia sp.)为健康棉株的优势种群；假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)和芽胞杆菌属(Bacillussp.)为发病棉株的优势种群,其它内生细菌占一定比例。健康棉株和发病棉株内生细菌种群数量随棉花生育期呈先增后减的趋势,且同一时期健康棉株内生细菌数量比发病棉株高。(2)基于PCR-DGGE技术的棉花根部内生细菌研究：PCR-DGGE电泳量化图谱中,聚类分析和主成分分析均表明,内生细菌的群落结构与棉花生长发育阶段密切相关；比较同一时期多样性指数,健康棉株较发病棉株高；鉴定了21条碱基序列有差异的条带,大多数属于变形菌门(Proteobacteria),其中既有健康棉株和发病棉株共有稳定遗传的内生细菌,也有发病棉株特有的。以上两种研究方法的结果显示健康棉株和发病棉株的内生细菌大多数属于变形菌门,群落结构多样性与棉花生长发育密切相关,且健康棉株较发病棉株丰富,表明黄萎病菌侵入影响了内生细菌的群落结构。2.棉花根部内生真菌研究(1)棉花根部可培养内生真菌研究：平板分离培养出702株内生真菌,主要分布在半知菌类(Fungi Imperficti)和子囊菌门(Ascomycota),3纲、6目、13属和其它属种。链格孢属(Alternaria sp.)、根串珠霉(Thielaviopsis sp.)和曲霉属(Aspergillus sp.)为健康棉株的优势种群；链格孢属(Alternaria sp.)、镰孢属(Fusarium sp.)和青霉属(Penicillium sp.)为发病棉株的优势种群,轮枝孢属(Verticillium sp.)在发病棉株的中后期分离频率高达33.8%,其它内生真菌分离频率较低。(2)基于PCR-DGGE技术的棉花根部内生真菌研究：PCR-DGGE电泳量化图谱中,聚类分析和主成分分析均表明,发病棉株的内生真菌群落结构与棉花黄萎病菌侵入有密切关系；在棉花生长的中后期,发病棉株多样性指数较健康棉株高；鉴定了17条碱基序列有差异的条带,大多分布在半知菌类和子囊菌门,轮枝孢属为发病棉株中后期特有的菌群。以上两种研究方法的结果显示健康棉株和发病棉株的内生真菌多数属于半知菌类和子囊菌门,棉花生长中后期,轮枝孢属真菌数量增加,表明黄萎病菌的侵染能够影响发病棉株中后期的内生真菌群落结构多样性。