转基因生物技术风险具有突出的不确定性,频发的转基因生物技术风险事件对传统的环境问题规制模式提出了新的挑战。转基因生物技术风险规制的法律路径可以分为行政规制与司法规制:行政规制路径设计构想建立在政府万能的假设之上,认为政府可以通过对风险-收益的评估,提出最优的规制路径并负责组织实施;司法规制路径建立在理性经济人的假设基础上,通过法律的威慑和激励功能,认为个人可以根据利益最大化的取向来自行决定是否实施风险行为。按照理想的制度设计,行政与司法的规制路径都可以完美应对转基因生物技术风险规制问题,但两种路径规制作用最大化的完美条件在现实世界中是不具备的,在实施中两种制度都不同程度的暴露出不足之处。行政规制路径存在投机主义、缺乏灵活性、职权多元配置弱化规制效果、信息难题的缺陷;司法规制路径存在执行不畅导致威慑不足、私人诉讼的启动障碍、事实回溯困难、损害的“定价”困难的不足。通过两种规制路径在转基因生物技术风险规制方面的匹配度分析,发现转基因生物技术风险不能依赖现行单一路径进行规制,有必要谋求制度的优化或合作以达到更好的规制效果。行政与司法规制路径合作规制的优势互补、法理基础,为转基因生物技术风险的合作规制路径奠定了现实与理论基础。转基因生物技术风险的行政与司法规制可以从标准化的事前规制与个案的灵活处理、司法对行政规制政策的能动反应、风险信息交流、风险行政规制行为的司法审查四个方面,进一步深化合作。