运用RNA降解规律构建数学模型推断死亡时间

来源 :复旦大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qgdjyahaha
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
死亡时间(postmortem interval,PMI)是指发现、检查尸体时距死亡发生时的时间间隔。PMI的准确推断具有重要的法医学实践价值,一直是法医学病理学研究的重点和难点。利用传统的方法进行死亡时间的推断一直受到各种因素的制约,如环境温度,死亡原因等,导致推断的准确性和精确性较低。随着分子生物学技术在法医学领域的广泛应用,利用生物体内RNA的时间依赖性降解规律推断死亡时间正逐渐成为目前研究的热点。实时定量PCR(quantitative real time PCR, qRT-PCR)作为RNA表达量的精确定量技术,具有准确高效的优点,被越来越多的应用于PMI的推断,但其结果必须依赖于稳定内参指标的标准化,目前构建的推断PMI模型相对单一,通常只考虑单个因素的影响,而忽略多组织、多温度和多死因的探讨,实际应用受限。本实验利用实时定量PCR技术,检测已知明确死亡时间的人体组织和动物模型组织中(心肌、肝脏和皮肤)多个RNA指标的表达量,以期发现受各因素影响较小的RNA指标作为标准化的内参指标。在此基础上,针对大鼠组织内特定RNA指标进行死后不同时间的规律性研究,综合多个分子指标构建多组织、多温度组的数学模型用以推断死亡时间;将明确死亡时间的大鼠样本和人体资料代入方程进行验证,探讨环境温度及死亡原因等因素对死亡时间推断的影响程度,以期为人体死亡时间的精确推断提供新的方法与理论基础。此外,本研究也通过构建不同死因的大鼠模型,检测心肌多种RNA指标在死后不同时间点的表达变化情况,以期为不同死因下的死亡时间推断提供一种新的思路。研究目的1.通过实时定量PCR技术对人体组织及大鼠组织中各RNA指标的转录水平进行检测,旨在寻找出稳定通用的内参标志物用以精确的推断死亡时间。2.设置四个连续的温度组,明确断颈死大鼠三种组织中各RNA死后降解规律与死亡时间的相互关系,利用标准化的qRT-PCR数据构建多参数数学模型推测死亡时间。利用已知死亡时间的大鼠样本和人体样本进行数学模型的验证,统计推断死亡时间和真实死亡时间之间的误差率,明确环境温度及死亡原因等因素对死亡时间推断的影响。3.构建断颈死、窒息死和失血性休克三种大鼠死亡模型,明确不同死亡原因下大鼠心肌内多种RNA表达量随随死亡时间的降解规律,以期为不同死因下死亡时间的推断提供参考。方法和结果第一部分1.委托上海市公安局刑事科学技术研究所收集79例人体案例样本组织,每例尸体都准确的记录死亡时间、温度、死因等。每例尸体均取心肌、肝脏和皮肤组织分装于RNAlater保护液,置于-80℃冻存、备用。2.断颈处死288只SD大鼠用以构建模型,尸体立即放置于恒定环境温度下(5±1℃、15±1℃、25±1℃和35±1℃),于死后12个时间点(Oh、1h、3h、6h、12h、 24h、36h、48、72h、96h、120h和144h)分别取出心肌组织、肝脏和皮肤组织;断颈处死6只SD大鼠用以验证模型,放置于恒定环境温度下(10±1℃和20±1℃),于后3个时间点(15h、45h and 95h)取出三种组织;所有组织分装于RNAlater保护液,置于-80℃冻存、备用。选取12个常用的RNA分子指标,并设计引物,分别是ACTB、GAPDH、18S、RPS29、5S、U6、let-7a、miR-1、miR-133a、miR-206、miR-122和miR-203。3.用TRIzol法抽提人体和大鼠组织的总RNA、总RNA浓度和纯度检测和cDNA合成,并应用qRT-PCR检测RNA指标的循环阈值(cycle threshold,Ct)。4.通过geNorm软件对12个候选分子标志物进行统计处理,选取人体组织与动物组织相统一的内参指标。结果显示:5S、U6、miR-133a和RPS29适合作为心肌组织的内参,5S、U6、RPS29和miR-122适合作为肝脏组织的内参,5S、U6、RPS29和miR-203适合作为皮肤组织的内参。第二部分5.对ACTB和GAPDH的Ct值进行内参标准化处理,建立循环阈值差值(deltaCt,△Ct)与PMI的回归方程(一次、二次和三次方程),择优选择构建数学模型。6.将已知PMI的大鼠样本和人体样本△Ct值带入方程进行验证,统计推测PMI的误差率,明确环境温度、死亡原因等因素对精确PMI推断的影响。验证结果表明大鼠样本的总误差率为14.4±2.2%,人体样本的总误差率为34±19%,证实运用该数学模型推断PMI相对准确有效。7.研究发现环境温度升高可以明显的增加RNA的降解速率,详细的环境温度记录可以有效的提高推断PMI的精度。8.在三种组织中,肝脏组织拥有最低的误差率,尤其适合早期PMI的推断;而心肌组织更适合用于晚期PMI的推断;虽然皮肤组织具有最高的误差率,但在某些特殊案件如碎尸案有无可取代的价值。9.死亡原因也对RNA表达量具有影响,GAPDH表达量在失血性休克样本和机械性窒息样本中表达上调,导致推断的PMI小于真实PMI,误差率为负值。第三部分10.135只SD大鼠随机分为断颈死组、窒息死组和失血性休克死组,尸体保存于室温(25±1℃)环境下,于死后9个时间点(Oh、3h、6h、12h、24h、36h、48h,72h和96h)提取心肌组织,分装于RNA later保护液中,置于-80℃冻存、备用。并应用实时荧光定量PCR检测GAPDH、ACTB、HIF-1、iNOS、TNF-α、IL-6和U6的Ct值,观察各RNA在不同死因下随PMI的变化情况。11.U6非常稳定,受PMI和死因的影响较小,适合作为内参指标。在死亡早期,GAPDH、HIF-1、iNOS、TNF-α和IL-6的表达量在窒息死组和失血性休克死组比断颈死组呈现不同程度的增加,而ACTB在三个组皆呈现表达量下降趋势。在死亡晚期,随着mRNA的不断降解,各RNA指标表达量持续下降。因此,死后各RNA相对表达量随PMI的特征性的变化可为不同死因下PMI的推断提供参考。结论与展望本课题按照标准化的qRT-PCR技术流程,筛选出稳定通用的内参标志物,并通过多温度、多组织的动物模型,综合多个分子指标构建数学模型推断死亡时间。应用大鼠样本和实际案例检验数学模型,较低的误差率证实此方法的精确性和可靠性,同时探讨环境温度及死亡原因等因素对于死亡时间判断的影响程度。本课题将继续收集人体样本(增加样本种类、数量)进行大量的组织验证,进一步优化数学模型,提高人体死亡时间推断的精确性,使之更有利于法医实际工作的开展。
其他文献
目的总结分析精神分裂症、心境障碍、神经症患者的家庭功能现状。方法我院于2016年1月~2018年4月1日期间收治180例精神分裂症、心境障碍、神经症患者,使用家庭功能评定量表对
界面与移动交互体验设计是提升APP市场竞争力,增强用户忠诚度的主要方式。提出一种新的APP界面设计与移动交互体验设计方法,以满足用户感官冲击需求、情感体验需求和情感认知
在蝰亚科、蝮亚科和眼镜科等蛇毒中存在着一类能直接溶解纤维蛋白(原)的酶,称为纤维蛋白(原)溶酶(简称纤溶酶)[1]。1976年,Ouyang等第一次从尖吻蝮蛇毒中分离纯化得到纤溶酶[2]
如果不考虑数据点的权因子,将有理插值按照非有理插值那样对数据点实行参数化,将导致插值曲线坏的光顺性。在曲线参数化所包含矛盾的两个方面中,应以获得光顾的插值曲线形状为矛盾主要方面。由此出发,对数据点的参数化必须在高一维空间里对带权数据点进行,相应选取合适的参数化方法。接着从机理上进一步分析了有理插值曲线的光顾性问题,并初步探讨了在不改变参数连续性条件下改善曲线光顺性的一些途径。
随着科技的发展,当今社会对创新型人才的需求越来越多,作为教育“指挥棒”的高考,其命题立意从过去的“知识”转变为“能力”,学生的思维能力培养被提上了日程。通过对广州市
目的:将负载不同浓度的降钙素基因相关肽(CGRP)及P物质(SP)的明胶缓释微球植入骨质疏松兔的股骨缺损中,观察其对骨缺损修复的影响。方法:通过去势方法建立兔骨质松模型,利用乳化交
针对大柔度绳索牵引摄像机器人难以实现高速稳定运动的难题,提出了一种运动稳定控制方法.首先建立动力学模型,进而规划了能够反映摄像机器人对高机动性目标稳定跟踪的轨迹,并对轨
目前我国群体性事件具有突然爆发,难以准确预测的特点。近年来,因为矛盾得不到合理解决而在瞬间引发大规模群体性事件的占有相当高的比例。不同性质的群体性事件在不同阶段有着
群体性事件作为当前我国的一项热点问题,不但频繁发生,而且影响越来越大。这些群体性事件不仅涉及到各个大中城市的城镇居民,也包括乡村的农民,甚至从沿海地区一直扩张至内陆
针对网络行动的特点和集体防御机制,研究了同质网络行动的同步建模和控制问题.分析了网络安全集体防御的行动特性及影响因素,引入不确定性因子,构建了网络行动同步的新型模型