miRNAs在肥厚型心肌病中的特异性表达分析及靶基因信号通路预测

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:king1981001
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目的1探讨miRNAs在肥厚型心肌病患者外周血中的表达谱情况,筛选出肥厚型心肌病患者外周血特异性表达的miRNAs。2对显著差异表达的miRNAs进行靶基因及信号通路预测,探讨肥厚性心肌病可能的发病机制。方法1收集2018年3月至2018年10月在我院住院、门诊的经过心脏超声或影像学确诊的肥厚型心肌病患者共3例为HCM组和在我院体检中心体检的健康者共3例作为健康对照组。完成临床资料收集,并抽取外周血后进行离心,提取血浆进行保存。通过miRNA芯片检测技术获得miRNAs表达谱,通过筛选条件及结合文献报道,筛选出具有显著差异表达的miRNAs,对筛选出的miRNAs进行RT-PCR验证。2收集2018年3月至2019年11月在我院住院、门诊的经过心脏超声或影像学确诊的肥厚性心肌病患者共60例为HCM组和在我院体检中心体检的健康者共60例作为健康对照组。完成临床资料收集,并抽取外周血后进行离心,提取血浆进行保存。根据上述3例结果筛选并验证有显著差异的miRNAs,并对其中数条进行扩大样本量的RT-PCR验证。对具有差异表达的miRNAs,进行绘制ROC曲线。3通过miRanda、Target Scan、DIANA、Pictar数据库,对差异表达的miRNAs进行靶基因预测,使用VENNY在线数据库对任意2个数据库预测到的靶基因取交集,获得共同的靶基因,通过Mate Scape在线数据库进行靶基因的GO生物过程的富集分析及KEGG pathway、Reactome Gene Sets通路分析。结果1通过miRNA芯片检测技术共获得952条miRNAs,按照P值2倍,共筛选出无显著差异的miRNAs919条,具有差异表达的miRNAs共33条,结合相关文献,筛选出10条显著差异表达的miRNAs(分别为miR-2355-5p、let-7g-3p、miR-103a-3p、miR-122-5p、miR-146b-5p、miR-200c-5p、miR-377-3p、miR-675-3p、miR-26a-1-3p、miR-208b-3p),经过RT-PCR验证后,结果显示有8条miRNAs的表达趋势与miRNAs芯片检测结果一致,其中上调的miRNAs有let-7g-3p、miR-103a-3p、miR-122-5p、miR-146b-5p、miR-26a-1-3p、miR-208b-3p,下调的miRNAs有hsa-miR-675-3p、hsa-miR-377-3p。其余2条为miR-2355-5p、miR-200c-5p则与芯片检测结果相反,表现为下调。2根据在前期的研究中发现的8条具有差异表达的miRNAs,结合文献,筛选出2条miRNAs,分别为miR-208b-3p、miR-122-5p,HCM组(60例)同健康对照组(60例)比较,其中血浆miRNA-122-5p在HCM组的表达水平较对照组具有显著差异(P值0.05),miRNA-122-5p ROC曲线下面积为0.865。3通过miRanda、Target Scan、DIANA、Pictar数据库,对差异表达的miR-122-5p进行靶基因预测,共获得靶基因326个,用Mate Scape在线数据库进行靶基因富集分析,发现与miR-122-5p相关的GO生物过程主要富集在细胞黏附调节、骨骼系统发育、细胞连接组织、老化、对制动应激的反应、轴突蛋白质转运、细胞分化的负调控、微管聚合负调控、钠离子转运蛋白活性的调节、线粒体膜蛋白定位的建立、调节间质细胞凋亡过程、胚后发育等。通路分析发现miR-122-5p调控的靶基因主要参与乙酰化调控TP53的活性、抗原处理及传递、糖代谢、雌激素的核外信号、糖原贮积病等信号通路。结论1肥厚型心肌病患者存在特异的miRNAs表达谱,血浆中miR-122-5p表达显著升高,有望成为肥厚型心肌病的诊断分子标记物。2 miR-122-5p可能通过其靶基因激活乙酰化调控TP53的活性等参与心肌肥厚的发生。
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