本研究利用DUS测试指南的43个形态性状和20对SSR标记对14份玉米杂交种278株进行了一致性研究，探讨SSR标记判定玉米一致性的合理标准，同时研究了利用DNA快速提取技术提取的玉米不同部位和取样时期的DNA在变性聚丙烯酰胺和毛细管电泳的适用情况，为SSR标记在品种鉴定中的普及和推广打下坚实的基础。实验结果如下：1、快速煮沸法提取的胚、胚乳、1d的幼叶、1～3d的胚芽鞘、1～2d的不定根、1～3d的水培初生根和次生根DNA质量好，适合变性聚丙烯酰胺和毛细管电泳的大规模检测，其中胚乳、1d的幼叶、1～3d的胚芽鞘、1～2d的不定根、1～3d的水培初生根和次生根适用于样品提前检测但不影响植株的正常生长。2、同一染色体上的引物遗传距离越小，检测结果的相关性越高；基因间引物的多态性高于基因内引物，短重复序列引物的多态性高于长重复序列引物。3、通过对14个品种278个株的形态差异值和分子差异值的散点图分析，得出形态差异值≥2为异型株；由形态一致性比率和分子一致性比率的相关性系数为0.98，相关极显著，确定分子差异值≥2作为判定异型株的标准。4、共同异型株占形态异型株和分子异型株的比率分别为0.83、0.81，形态标准株比率和分子标准株比率的相关系数为0.60，相关显著，共同标准株占形态标准株和分子标准株的比率分别是0.65、0.83，因此分子标记和形态性状不是一一对应的，分子标记的鉴别能力高于形态性状。5、基于以上结论，认为使用DNA指纹方法鉴别玉米品种一致性，5级划分指标更为合理。