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湖滨带是湖泊保护的重要屏障,其中微生物对于入湖污染物降解起着重要的作用。本研究选择洱海典型湖湾型(沙坪湾)和非湖湾型(周城湾)湖滨带为研究对象,采用Illumina HiSeq高通量测序和荧光定量PCR的方法,对两个湖滨带的乔草植被带(沙坪湾和周城湾湖滨带的乔草植被带分别简称为SQ和ZQ,下同)、挺水植被带(ST和ZT)、沉水植被带(SC和ZC)和无植被带(SW和ZW)中土壤和沉积物中的细菌及脱氮微生物的分布特征进行研究。研究结果表明:(1)沙坪湾和周城湾湖滨植被带中的细菌共有54个门、106个纲、192个目、334个科和503个属被检测到,门水平上主要的细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria)。(2)周城湾和沙坪湾湖滨植被带的细菌多样性差异较大:沙坪湾湖滨植被带OTUs(Operational taxonomic units)个数从高到底依次为ST(3162)>SQ(2926)>SW(2709)>SC(2427),Shannon指数H′为ST(10.14)>SQ(9.75)>SC(9.44)>SW(9.26);周城湾湖滨带OTUs个数从高到底依次为ZW(2816)>ZT(2655)>ZC(2451)>ZQ(2047),Shannon指数H′为ZT(9.61)>ZQ(9.06)>ZW(8.96)>ZC(8.70)。(3)CCA统计分析表明:影响洱海湖滨植被带细菌种群结构的关键理化因子是TP(R2=-0.964)、pH(R2=0.931)和OM(R2=0.956)。(4)在沙坪湾和周城湾湖滨植被带表层土壤和沉积物中,氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)的amoA基因丰度高于氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB),且沙坪湾湖滨植被带AOA和AOB的amoA基因丰度随着土壤和沉积物深度增加急剧下降,且大部分采样点AOA的丰度高于AOB,数量上的优势增大了AOA成为沙坪湾和周城湾湖滨植被带氨氧化反应主要驱动者的可能性。(5)在沙坪湾和周城湾湖滨植被带表层土壤和沉积物中,反硝化基因nirK的丰度高于nirS的丰度,且沙坪湾湖滨植被带中nirK和nirS的丰度都随着土壤和沉积物深度的增加急剧下降,且nirK的基因丰度始终高于nirS,数量上的优势说明在洱海湖滨植被带的反硝化过程中nirK比nirS可能发挥着更重要的作用。(6)影响因子分析表明:AOA的amoA的基因拷贝数量和OM呈显著性正相关(R=0.365,P<0.05),NH3和AOB的amoA的基因丰度呈显著性正相关(R=0.395,P<0.05);反硝化微生物nirS和nirK的生长受有机质的影响,同时nirS型反硝化微生物还和pH呈显著性正相关,但是对nirK型反硝化细菌没有显著性影响。