雪豹(Uncia uncia)是国际关注的全球濒危物种,IUCN定级为濒危(EN)物种,属于CITES附录Ⅰ的物种,是我国Ⅰ级重点保护野生动物。中国是雪豹分布面积最大的国家,也是雪豹数量最多的国家。由于雪豹行为机警、神秘、喜欢独行、夜间活动、远离人迹和高海拔分布等特点,给野外研究带来了巨大的困难和挑战,对雪豹的数量、行为、活动、家域范围、社群和遗传结构等了解的较少,这给雪豹这一珍稀濒危动物的保护和管理等带来了困难。本研究试图以青海三江源自然保护区、西藏羌塘自然保护区和甘肃阿克塞县为研究重点,利用非损伤DNA技术,开展雪豹种群数量调查和群遗传结构与多样性研究,具体的研究内容和结果包括：(1)基于mtDNA的雪豹物种鉴定和遗传结构研究通过mtDNA Cyt b基因的分析,对8个地点收集的277份疑似雪豹样品进行物种鉴定,成功的对190份粪便样品进行了物种鉴定,检测成功率为68.59%,其中有89份是雪豹。8个样地中的雪豹粪便数量占总粪便样品数的比例为17.24%-41.67%之间,平均为32.13%,其中西藏的班戈县最低,青海的曲麻莱县最高,确定了调查区域均含有不同的雪豹数量。对确定后的雪豹,进行了mtDNA序列分析,89个样品中共检测到13个多态性位点,可以分为9个单倍型,单倍型多态性为0.765,核苷酸多态性为1.60%,平均核苷酸差异数为1.654,其中在青海玉树县和西藏申扎县的样品中没有检测到多态性位点,只有1个单倍型,甘肃阿克塞县的样品中具有7个多态性位点,共有5个单倍型。9个单倍型的遗传距离为0.009-0.090之间,平均遗传距离为0.044。(2)基于微卫星DNA的雪豹保护遗传学研究利用筛选到有8对微卫星引物对89份雪豹粪便样品进行了个体识别和遗传多样性分析。经过基因分型,在89份雪豹样品中共检测到48个雪豹个体,各个样地中的雪豹数量为1-15个之间,检测到的雪豹个体数占总粪便数的比例为17.33%。在青海省囊谦县、治多县和甘肃阿克塞县分别检测到7、15和14个雪豹个体,利用8个多态性微卫星引物,对这3个种群进行了遗传多样性分析。8个微卫星位点在3个雪豹群体中共检测到57个等位基因,平均每个位点检测到7.13个等位基因。Hardy-Weinberg平衡检测共发现有4个位点在3个种群中具有显著偏离(P<0.005)。在青海省囊谦县、治多县和甘肃阿克塞县3个种群中的基因杂合度分别为0.762、0.733和0.781,表明3个群体均具有较高的遗传多样性,其中甘肃阿克塞种群的遗传多样性最高。遗传距离分析表明甘肃阿克塞种群与青海治多和囊谦县的2个种群之间具有较大的种群遗传距离,说明它分化的时间长。基因流分析表明群体总遗传变异的5.30%来源于种群之间的遗传变异,94.70%属于种群内的遗传变异。本研究利用分子粪便学,首次对青海、西藏和甘肃的主要雪豹分布区进行了物种调查、个体识别和遗传多样性分析,建立了基于非损伤性DNA的雪豹保护遗传学研究技术,并进行了种群遗传多样性评价,不仅为在我国开展大范围的雪豹调查和研究建立了技术基础,为确定雪豹的分布区域提供直接证据,也为我国雪豹的保护措施的制度提供了科学依据。