长链非编码RNA LINC00622抑制乳腺癌细胞侵袭迁移及调控M1型巨噬细胞极化的机制研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hml9061
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目的:乳腺癌作为女性发病率最高的恶性肿瘤,不断优化其诊断与治疗具有重要的意义。对于乳腺癌患者的预后预测,包括患者自身情况对预后的影响和基于肿瘤基因改变导致的预后变化。对于患者自身的情况,雌激素受体、孕激素受体及人表皮生长因子2等三种受体对于患者的预后影响最大,但原发灶与转移灶之间受体的变化对预后的影响研究很少。而随着高通量测序等一系列技术手段的不断发展,基于基因组学变化对患者预后的影响的分析越来越得到研究者的青睐。通过高通量测序及生物信息学方法分析,越来越多的预后生物标志物被发现。其中,由于其高度的组织特异性,便于在血清,尿液,组织唾液等体液中检测以及在体液中稳定等特点,越来越多的长链非编码RNA被发现,但是很多新发掘的lncRNA的功能是未知的,因此通过生物信息学方法进行预测,并通过生物学实验进行验证,使越来越多具有重要功能并可以指导乳腺癌预后的lncRNA被发现。研究方法:1.利用单中心乳腺癌患者临床数据探究受体变化对于腺癌患者预后的影响;2.利用单因素分析、cox LASSO回归和多因素分析通过GEO数据集筛选与乳腺癌患者预后相关的lncRNA;3.利用CIBERSORT方法预测GEO数据集中每位患者微环境中免息浸润细胞的含量比例;4.利用WGCNA方法聚类不同临床表型与基因模块间的关系;并用利用GO分析富集基因通路;5.利用K-M PLOTTER、TCGA数据库、CCLE数据库进行外部验证及表达量验证;6.利用q RT-PCR实验检测各细胞系中LINC00622的表达情况及siRNA和过表达质粒的效率;7.利用流式分选验证THP-1细胞表面抗体的变化情况;8.利用cytokine array检测过表达LINC00622后下游细胞因子的变化情况,并应用TIMER2.0在线数据库及ELISA实验验证;9.利用Lnc Locator数据库预测LINC00622的亚细胞定位,并应用FISH实验进行检验;10.应用RBPDB、starbase、Annolnc2网站共同预测与LINC00622相结合的RBP,应用RPISeq预测LINC00622与HuR结合能力;11.利用RIP实验验证HuR与LINC00622、PDGFA m RNA和TGF-β1 m RNA的结合;12.利用western blot及q RT-PCR实验探究LINC00622与HuR的上下游关系;13.利用MTS法检测LINC00622是否影响细胞的增殖能力;14.利用流式细胞术-PI染色法探究LINC00622是否对细胞周期有影响;15.Transwell法用来检测LINC00622及HPRT1对细胞侵袭及迁移能力变化的影响;16.利用western blot检测LINC00622对细胞EMT相关指标的蛋白水平的影响。结果:1.原发灶与转移灶受体状态不同对患者预后有影响;2.LINC00622、LINC00324、LINC00841和HAR1A与乳腺癌患者预后高度相关;3.WGCNA聚类得到的黑色模块与M1型巨噬细胞高度正相关,与basal-like亚型正相关;4.LINC00622与免疫及细胞因子功能相关;5.外部验证得到LINC00622与LINC00324高表达患者预后不良;6.在线网站预测LINC00622无编码能力;7.LINC00622在乳腺癌中低表达,在三阴性乳腺癌及三阴性乳腺癌细胞系中高表达;8.THP-1极化为M1型巨噬细胞后,表面CD86表达升高,极化为M2型巨噬细胞后,表面CD163表达升高;9.乳腺癌细胞敲减LINC00622后,与巨噬细胞共培养,M1型巨噬细胞减少,乳腺癌细胞过表达LINC00622后,与巨噬细胞共培养,M1型巨噬细胞增多;10.LINC00622可能通过细胞因子参与免疫调节;11.过表达LINC00622后,细胞上清中PDGFA及TGF-β1因子下调;11.LINC0062主要定位于细胞浆;12.LINC00622可以与HuR结合;13.LINC0062作为HuR上游调控HuR;14.HuR可以与PDGFA m RNA和TGF-β1 m RNA结合;15.LINC00622抑制乳腺细胞增殖能力;16.过表达LINC00622使乳腺癌细胞发生G1期阻滞,敲减LINC00622细胞S期增加;17.LINC00622抑制乳腺癌细胞系的迁移与侵袭;18.受LINC00622调控的HuR与嘌呤代谢相关;19.嘌呤代谢补救途径中的HPRT1与乳腺癌患者预后不良相关;20.敲减HPRT1抑制乳腺癌细胞的迁移与侵袭;21.HPRT1的m RNA可以与HuR结合;22.LINC00622通过HuR调控HPRT1。结论:1.LINC00622可以作为预后指标有效指导乳腺癌患者预后;2.LINC00622可以通过RNA结合蛋白HuR调控下游PDGFA及TGF-β1的含量,调控微环境中M1型巨噬细胞的极化;3.LINC00622可以通过HuR调节嘌呤代谢补救途径中限速酶HPRT1的含量抑制乳腺癌细胞的迁移与侵袭。
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