基于NGS、MLPA和Sanger测序的FBN1基因突变研究

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:hehong405
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目的对马凡综合征(Marfan syndrome,MFS)患者和晶状体脱位综合征(Ectopia lentis syndrome,ELS)患者的原纤维蛋白-1(fibrillin-1,FBN1)基因,转化生长因子受体1(Transforming Growth Factor Beta Receptor TypeⅠ,TGFBR1)和转化生长因子受体2(Transforming Growth Factor Beta Receptor TypeⅡ,TGFBR2)进行基因突变筛查,有利于明确相应患者的患病原因,并可为家系成员的症状前检测或下一代的产前筛查提供依据。方法1.NGS和MLPA技术在MFS和ELS基因诊断中的应用提取22例MFS患者和1例ELS患者的基因组DNA,用第二代测序技术(Next generation sequencing,NGS)对FBN1、TGFBR1和TGFBR2进行突变筛查,然后用Sanger测序对突变位点进行验证,对NGS未发现突变的病人,再应用多重连接探针扩增技术(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification,MLPA)检测FBN1、TGFBR1和TGFBR2是否存在大片段缺失/重复突变,对这两种方法提示有基因组大片段突变的外显子进行PCR和DNA Sanger测序以证实突变。2.一个FBN1纯合突变家系的分析提取该先证者和该家系成员外周血全基因组DNA,用NGS技术对先证者FBN1进行突变筛查,然后用Sanger测序对突变位点进行验证并对家系成员进行突变位点的Sanger测序。提取先证者主动脉组织的RNA,用RT-PCR扩增突变所在外显子,并进行Sanger测序。结果1.NGS和MLPA技术在MFS和ELS基因诊断中的应用在22例MFS和1例ELS患者(18号患者)中发现20种FBN1突变,其中20种突变中有13个是错义突变、3个是无义突变、2个剪接位点突变、1个移码突变、1个是大片段缺失突变。20种突变中有11种为未报道过的突变,分别是c.448T>C、c.1665C>A、deletion of exon18、c.3082+2T>C、c.3521T>C、c.4081T>G、c.5517C>A、c.68646871+1deletion CTGTGTAGG、c.6992G>A、c.7594del A、和c.7713T>G;9种为已报道的突变,分别是c.199T>C、c.640G>A、c.1585C>T、c.2413T>C、c.3037G>A、c.3380G>T、c.5497T>C、c.6424T>C和c.6451T>C。而一例大片段缺失突变患者经MLPA及长片段PCR测序证实具体突变为c.2114-23572167+747del3158bp。未发现TGFBR1和TGFBR2的突变。2.一个FBN1纯合突变家系的分析该先证者和其兄FBN1第61号内含子均存在纯合的剪接位点突变(c.7570+5G>A),其双亲及其女儿均存在同一位点的杂合突变。经调查其双亲为表兄妹近亲结婚。先证者组织RNA经RT-PCR和Sanger测序发现FBN1缺失整个61号外显子。结论1、FBN1基因突变可能是这19例MFS患者和1例ELS患者的致病因素。2、FBN1剪接位点突变(c.7570+5G>A)很可能是纯合MFS家系的致病原因。
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