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本研究通过对广西百色、河池、玉林、南宁、贺州、贵港、崇左、防城港、柳州、北海、钦州、桂林等12个地市的38个发生疑似高致病性猪繁殖与呼吸综合征的猪场进行流行病学调查、症状和病变观察,采集病猪的血清、肺、脾、淋巴结等病料用RT-PCR方法进行检测,共检测到104份PRRSV阳性病料。调查发现,高致病性PRRS在广西的流行范围广,传播速度快,发病率高,症状和病变典型;母猪发病后的流产率近100%;哺乳仔猪和保育猪的发病率达100%,死亡率高达60%-100%;生长猪、育肥猪发病后的死亡率相对较低。通过对其中的18个PRRS毒株分别进行ORF5、ORF6、ORF7基因的克隆和测序,结果发现,18个毒株之间,其ORF5、ORF6、ORF7基因的核苷酸同源性分别为97.7-100%、98.3-100%、98.4-100%,氨基酸同源性分别为97.0-99.5%、97.1-99.4%、95.2-99.2%,彼此同源性很高;与美洲型标准毒株VR-2332株相比,其核苷酸的同源性分别为88.4-89.7%、94.3-95.4%、93.5-94.4%,氨基酸同源性分别为87.1-88.6%、94.9-97.1%、90.3-96.0%;与欧洲型代表毒株LV株的核苷酸同源性分别为63.2-64.6%、68.2-69.0%、65.1-65.9%,氨基酸同源性分别为57.5-58.0%、77.1-78.9%、55.6-58.9%,由此说明这18个流行毒株均属于美洲型毒株;而与2006年前的6个广西流行毒株相比,其氨基酸同源性分别为86.1-96.0%、93.1-96.6%、88.7-97.6%。从E蛋白的变异来看,本次获得的毒株与时间间隔最长的亚群Ⅰ的2002年广西分离株GXA核苷酸同源性为88.4-89.6%,氨基酸同源性为86.1-87.6%;与亚群Ⅱ的GXWX毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.1-90.5%和88.6-90.5%,但与JXA1、HUB2、HEB1、HuN株的核苷酸和氨基酸的同源性很高,分别高达98.5-99.7%、97.5-99.5%。这说明广西2006年后流行的PRRSV较以前的毒株有了较大程度的变异,并与高致病性的JXA1、HUB2、HEB1、HuN株的同源性非常高。与国内外的PRRS毒株比较,在推导编码的氨基酸序列中,本研究的18个毒株的E蛋白氨基酸的变异主要集中在24-39aa、58-66aa、92-104aa、161-164aa、185-200aa;M蛋白的氨基酸变异主要发生在10aa,63-70aa,N蛋白的氨基酸变异主要集中在46aa、91aa、109aa及117aa位点。通过遗传进化树分析,18个广西PRRS流行毒株与CH-1a株同属于亚群Ⅱ,并与国内流行的高致病性PRRS变异毒株JXA1、HUB2、、HEB1、HuN株亲缘关系较近,同处于一个小分支,可能来源于同一个毒株。