长江及其支流嘉陵江是重庆的两条主要河流，该两江汇流段属主城多功能水体及城市饮用水源区，在城市供水、航运、水利及工农业生产等方面都发挥了极其重要的作用，其水体质量直接关系到重庆市经济建设、社会可持续发展等重大问题。两江中分布了大大小小的排污口及取水口，上游的排污口将直接或间接影响到下游取水口的水质。因此，对上游水质的有效监控是保障下游城镇居民用水安全至关重要的因素。本文利用数学模拟方法对两江汇流段水质进行模拟，从而为下游取水、用水安全状况评估提供依据，也能够为突发水污染事故的水质模拟预测提供技术支持，具有较为重要的现实意义和应用价值。前期首先对嘉陵江和长江在重庆主城段的水质现状进行分析，对两江上的取水口和排污口进行调查，并分别对其附近水质进行取样分析，调查排污口水质断面污染物背景浓度等。对三峡水库175m水位（枯水期）和145m水位（丰水期）分别在正常情况下和风险事故排放这两种情况下进行水质模拟。本次水质模拟采用DHI的MIKE21模型，模拟过程首先对模拟水域的水动力情况进行了数值模拟，然后在水动力模拟结果的基础上进行水质模拟。在模拟过程中首先确定了涡粘系数、河床糙率系数、污染源、初始水位、边界条件等相关参数。而后利用实测数据对河床糙率等系数进行了率定，基本符合实际情况。由此分别得到三峡水库145m及175m蓄水位排污口正常排放和事故排放20个控制断面的二维水质模拟结果。通过水质模拟结果，对主城区排污口与饮用水源地取水口布局合理性进行评估，以便提出整治措施，根据三峡水库145m和175m蓄水期间的二维事故排放水质预测和分析结果，沿长江大江厂城市饮用水源等13个饮用水源地的一、二级保护区内均无潜在的风险源存在，原则上不需要进行调整，澄江镇（璧北河下游）乡镇饮用水源等11个水源地一级保护区内有潜在的风险源存在，澄江镇（璧北河上游）乡镇饮用水源等20个水源地的二级保护区内有潜在的风险源存在。