随着高新技术产业在经济增长中的主导作用日趋明显,高新技术产业的发展已经成为一个国家或地区综合竞争力的关键。然而,高新技术产业所面临的自身结构性问题也逐渐得到关注和重视,高新技术产业结构不协调不合理的矛盾日益凸显,成为了影响高新技术产业跨越式发展的障碍。本文首先从国内外高新技术产业结构的现状入手,运用基本的描述统计方法从行业结构,地域结构,所有制结构,贸易结构,研发结构这五个方面,对国际上主要发达国家和我国的高新技术产业结构现状进行对比分析,找出存在的问题。接着,针对我国高新技术产业结构所存在的问题,提出优化的四个目标并建立相对应的高新技术产业结构优化的统计模型,并以我国1995-2007年高新技术产业相关数据为基础,对我国高新技术产业结构的优化进行实证分析。具体模型包括：1.高新技术产业优势序列确定模型：运用灰色关联模型确定优势行业序列,将高新技术17个细分行业分成四大类,根据不同分类提出对应的结构调整措施。2.高新技术产业区域差异研究模型：结合产业分工指数明确产业分工雷同,产业结构相似的地区,并根据区位熵及其变动确定各地区的主导行业,以此调整和协调高新技术产业的区域布局。3.高新技术产业发展速度调整模型：运用灰色系统G-M预测模型对未来几年高新技术产业的发展规模进行预测,结合实际情况协调高新技术产业细分行业的增长速度进行分类调整。4.高新技术产业创新水平评价模型：运用熵值综合评价模型,找出不同高新技术行业创新水平的差距及变化趋势。最后,结合我国高新技术产业结构及其优化中存在的问题,并提出相应对策建议。此外,本文还采用R语言统计分析软件对高新技术产业结构优化模型进行了编程实现。